MF Researcher Database

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Advance

TAGUCHI Ayumu

    Professor
Last Updated :2025/06/01

Researcher Information

Research funding number

  • 50817567

J-Global ID

Research Interests

  • 消化器がん   Proteomics   分子プロファイリング   PDXモデル   バイオマーカー   早期診断   マルチオミクス解析   サーフェスオーム   セクレトーム   HLAリガンドーム   リン酸化プロテオーム   Biomarker   自己抗体   マイクロRNA   長鎖ノンコーディングRNA   大腸癌   直腸癌   膵癌   食道癌   胃癌   肺癌   骨軟部肉腫   Cancer   

Research Areas

  • Life sciences / Tumor diagnostics and therapeutics
  • Life sciences / Tumor biology
  • Life sciences / Gastroenterology
  • Life sciences / Molecular biology

Academic & Professional Experience

  • 2018/11 - Today  Nagoya UniversityGraduate School of Medicine連携教授
  • 2018/09 - Today  愛知県がんセンター分子診断トランスレーショナルリサーチ分野分野長
  • 2018/04 - 2018/08  テキサス大学大学院Graduate School of Biomedical SciencesAssistant Professor
  • 2013/11 - 2018/08  MDアンダーソンがんセンターDepartment of Translational Molecular PathologyAssistant Professor (tenure track)
  • 2012/08 - 2013/10  MDアンダーソンがんセンターDr. Sam Hanash's Labポストドクトラルフェロー
  • 2008/11 - 2012/07  フレッドハッチンソンがん研究センターDr. Sam Hanash's Labポストドクトラルフェロー
  • 2005/07 - 2008/10  Nagoya UniversityGraduate School of Medicineポストドクトラルフェロー
  • 2005/04 - 2005/06  Nagoya UniversityGraduate School of Medicine客員研究員
  • 1999/04 - 2001/03  公立陶生病院消化器内科医員
  • 1997/04 - 1999/03  公立陶生病院研修医

Education

  • 2001/04 - 2005/03  Nagoya University  Graduate School of Medicine
  • 1991/04 - 1997/03  Nagoya University  School of Medicine
  • 1988/04 - 1991/03  東海高校

Association Memberships

  • JAPANESE SOCIETY OF GASTROINTESTINAL CANCER SCREENING   JAPAN GASTROENTEROLOGICAL ENDOSCOPY SOCIETY   米国臨床腫瘍学会   米国癌学会   JAPANESE SOCIETY OF GASTROENTEROLOGY   THE JAPANESE SOCIETY OF INTERNAL MEDICINE   THE JAPANESE CANCER ASSOCIATION   

Published Papers

Books etc

  • Molecular Oncology: Causes of Cancer and Targets for Treatment.
    Gelmann EP; Sawyers CL; Rauscher FJ III (ContributorCancer Proteomics.)Cambridge University Press. 2013

Conference Activities & Talks

  • クリニカルプロテオミクスが拓くがん研究の近未来  [Invited]
    田口 歩
    第53回藤田医科大学医学会シンポジウム  2021/10
  • 血液は何を語るのか：光濃縮によるがん早期診断への挑戦  [Invited]
    田口 歩
    LAC-SYS 研究所第3回シンポジウム  2021/09
  • クリニカルプロテオミクスとそのがん免疫治療への応用  [Invited]
    田口 歩
    第1回Oncology Crosstalk Symposium  2020/11
  • 肺がんに迫る分子プロファイリングの今  [Invited]
    田口 歩
    とよあけ肺がんセミナー  2019/06
  • 血液は何を語るのか～がん早期発見への挑戦～  [Invited]
    田口 歩
    瑞穂区医師会学術講演会  2019
  • 基礎と臨床の融合が拓く癌バイオマーカー研究の新展開  [Invited]
    田口 歩
    名古屋大学大学院医学系研究科  2018/10
  • Molecular Diagnostics: Back-and-forth Crosstalk between Basic and Clinical Research to Fight Cancer  [Invited]
    田口 歩
    愛知県がんセンター  2018
  • 基礎と臨床をつなぐバイオマーカー研究の展開  [Invited]
    田口 歩
    愛知県がんセンター  2017
  • Blood-based biomarkers for early detection of cancer.  [Invited]
    Ayumu Taguchi
    MD Anderson Cancer Center  2016
  • Molecular cancer biomarkers in the era of precision medicine.  [Invited]
    Ayumu Taguchi
    Nagoya University Graduate School of Medicine  2016
  • Loss of immunoproteasome driven by EMT is associated with immune evasion and poor prognosis in non-small cell lung cancer.  [Not invited]
    Tripathi S; Peters H; Taguchi A; Schliekelman M; Katayama H; Wang H; Momin A; Jolly M; Celiktas M; Rodriguez J; Liu H; Behrens C; Wistuba I; Ben-Jacob E; Levine H; Molldrem J; Hanash S; Ostrin E
    The 4th AACR-IASLC International Joint Conference: Lung Cancer Translational Science from the Bench to the Clinic  2016 
    selected for plenary session
  • Integrative proteomics in early detection and treatment of cancer.  [Invited]
    Ayumu Taguchi
    Rice University  2015
  • Development and validation of diagnostic biomarker model for detection of early stage pancreatic cancer.  [Not invited]
    Taguchi A; Capello M; Zhao Y; Babel I; Goodman GE; Tempero MA; Firpo MA; Katz MH; Feng Z; Hanash SM
    The AACR Special Conference on Pancreatic cancer: Innovations in Research and Treatment  2014 
    highlighted in the AACR press release; http://aacrnews.wordpress.com/2014/05/19/new-blood-based-biomarker-panel-may-enable-pancreatic-cancer-diagnosis-at-an-early-stage/
  • Global quantitative proteomic and phosphoproteomic analysis of oncogenic Kras-driven mouse pancreatic cancer.  [Not invited]
    Taguchi A; Kapoor A; Momin A; Katayama H; Yao W; Wang H; Ying H; DePinho R; Hanash S
    The AACR Special Conference on RAS Oncogenes: From Biology to Therapy  2014 
    selected for plenary session
  • Pro-Surfactant Protein B as a Biomarker for Lung Cancer Prediction.  [Not invited]
    Sin DD; Tammemagi CM; Lam S; Barnett MJ; Duan X; Tam A; Auman H; Feng Z; Goodman GE; Hanash SM; Taguchi A
    The 3rd AACR-IASLC Joint Conference on the Molecular Origins of Lung Cancer  2014 
    selected for plenary session
  • 統合的オミクス解析を用いた新規バイオマーカー・治療ターゲットの探索  [Invited]
    田口 歩
    千葉県がんセンター  2014
  • Integrative omics analysis for discovery of cancer biomarkers and therapeutic targets.  [Invited]
    Ayumu Taguchi
    Nagoya University Graduate School of Medicine  2014
  • Lung Cancer Signatures in Plasma Based on Proteome Profiling of Mouse Tumor Models.  [Not invited]
    Taguchi A; Politi K; Pitteri SJ; Lockwood WW; Faça VM; Kelly-Spratt K; Wong CH; Zhang Q; Chin A; Park KS; Goodman G; Gazdar AF; Sage J; Dinulescu DM; Kucherlapati R; DePinho RA; Kemp CJ; Varmus HE; Hanash SM
    The NCI-Mouse Models of Human Cancers Consortium (MMHCC) Steering Committee Meeting  2011 
    selected for plenary session

MISC

Industrial Property Rights

  • US20200182876, CN110121647, EP3555628, JP2020514689, KR1020190101395, WO/2018/112428:Methods for the Detection and Treatment of Pancreatic Cancer  2018年/03/17
    HANASH, Samir, CAPELLO Michela, TAGUCHI, Ayumu, FENG, Ziding
  • US20200025766, CA3053116, CN110291397, EP3580560, JP2020510816, KR1020190116368, WO/2018/148600:Methods for the Detection and Treatment of Lung Cancer.  2018年/01/03
    HANASH, Samir, TAGUCHI, Ayumu, FENG, Ziding

Awards & Honors

  • 2018 American Cancer Society Research Scholar Award
     
    受賞者: 田口 歩
  • 2015 U.S. Department of Defence Lung Cancer Research Program Career Development Award
     
    受賞者: 田口 歩
  • 2008 米国がん学会 Scholar-in-Training Award
     
    受賞者: 田口 歩

Research Grants & Projects

  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research
    Date (from‐to) : 2023/04 -2026/03 
    Author : 田口 歩; 細田 和貴; 原 和生; 山口 類
  • 日本学術振興会：科学研究費助成事業
    Date (from‐to) : 2023/04 -2026/03 
    Author : 田中 一大; 関戸 好孝; 田口 歩; 佐藤 光夫; 佐藤 龍洋
  • 低侵襲ハイスループット光濃縮システムの開発
    JST：未来社会創造事業（「共通基盤」領域）「革新的な知や製品を創出する共通基盤システム・装置の実現」
    Date (from‐to) : 2021/04 -2026/03
  • 日本学術振興会：科学研究費助成事業
    Date (from‐to) : 2022/04 -2025/03 
    Author : 伊藤 誠二; 田口 歩
  • 日本学術振興会：科学研究費助成事業
    Date (from‐to) : 2022/04 -2025/03 
    Author : 森 治樹; 田口 歩; 谷 眞至
  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research
    Date (from‐to) : 2022/04 -2025/03 
    Author : 大宮 直木; 田口 歩
  • 日本学術振興会：科学研究費助成事業
    Date (from‐to) : 2022/04 -2025/03 
    Author : 田中 努; 田口 歩; 細田 和貴
  • 日本学術振興会：科学研究費助成事業
    Date (from‐to) : 2022/04 -2025/03 
    Author : 細田 和貴; 清水 泰博; 田口 歩
  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    Date (from‐to) : 2021/04 -2024/03 
    Author : 夏目 誠治; 細田 和貴; 田口 歩; 谷 眞至
     
    大腸癌肝転移に対する最も有効な治療法は手術による切除であるが、根治的切除が可能であった症例においても、5年生存率は約40%と難治である。ゲノム解析技術の目覚ましい発展にもかかわらず、分子標的治療の大腸癌肝転移への貢献は限定的であり、革新的なアプローチによって大腸癌肝転移の克服に取り組む必要がある。 本研究では、マウス大腸癌細胞株からin vivo selectionにより樹立した高肝転移性亜株・低転移性亜株（in vitroモデル）と、外科手術時に採取された大腸癌原発巣と肝転移巣から作成した患者腫瘍組織移植（PDX）モデル（in vivoモデル）を用いて、細胞表面タンパク質に重点を置いた網羅的な空間プロテオーム解析を行う。これにより、大腸癌肝転移の分子機構を解明するとともに、大腸癌肝転移巣に特徴的な細胞表面タンパク質分子を同定し、大腸癌肝転移を制御するための新規分子標的治療法を開発する。 今年度は、マウス大腸癌細胞株から樹立した高肝転移性亜株と低転移性亜株において、空間プロテオーム解析とRNAシーケンス解析が完了し、肝転移に関連する分子シグネチャを同定した。また、大腸癌原発巣、肝転移巣から作成したPDX腫瘍それぞれ12症例について、空間プロテオーム解析とRNAシーケンス解析が完了し、現在データ解析を進めている。 今後は、マウス大腸癌細胞株の解析から同定した、肝転移分子シグネチャに含まれる分子について機能解析を行うと共に、大腸癌原発巣・肝転移巣由来PDX腫瘍について多層オミクス解析を完了し、肝転移に重要な新規治療標的分子を探索同定する。
  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    Date (from‐to) : 2021/04 -2024/03 
    Author : 山田 啓策; 田口 歩
     
    大腸癌の早期診断は、大腸癌の死亡率を低下させるのに有効なアプローチであるが、現在対策型検診として行われている免疫法便潜血検査は疑陽性率が高く、また早期大腸癌や前癌病変である高リスク大腸腺腫に対する感度も十分ではないことから、簡便でより精度が高い大腸癌早期診断法の開発が急務である。血液中のタンパク質や自己抗体は、癌の早期診断やスクリーニングに有用なバイオマーカープラットフォームである。本研究では、正常対照、低リスク・高リスク大腸腺腫、早期・進行大腸癌患者由来の血漿検体を用いて、血中タンパク質と自己抗体の網羅的かつ高深度なプロファイリングを行う。同定されたバイオマーカーについては、アッセイの最適化と独立したサンプルセットでの初期検証研究とを行うとともに、バイオマーカーの組み合わせの最適化によって、臨床で用いることのできるまでに十分精度を高めた、高リスク大腸腺腫と大腸癌の血液診断バイオマーカーパネルの確立を目指す。 本年度は、検体収集を中心に行い、1,100を超える血液検体を収集した。また、新規マススペクトロメトリーの導入に伴い、血漿プロテオーム解析プロトコルの最適化を行い、高深度の血漿自己抗体プロファイリングが可能になった。また、血漿プロテオーム解析から同定した新規タンパク質バイオマーカー候補について、抗体の作成を含めたアッセイ開発と、正常対照、大腸ポリープ、早期大腸癌、進行癌から成る150例の血漿サンプルセットを用いた初期検証を行っている。今後は、検体収集を引き続き行うと共に、免疫グロブリン結合タンパク質の解析から、新規自己抗体バイオマーカーの同定と検証を進める。
  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    Date (from‐to) : 2021/04 -2024/03 
    Author : 清水 淳市; 田口 歩
     
    免疫チェックポイント阻害剤（ICI）の登場により、生体の免疫が癌を拒絶し得ることが明らかとなった。しかし、ICI単独療法での奏効率は10-40%と限定的である。また、ICIの特徴として、自己免疫性の免疫関連有害事象（irAE）を起こす症例がある。これらの副作用を予測することは困難である上に、重篤な場合は致死的になりうることから、ICIの効果だけでなく、HPDやirAEの発症を、その使用前に予測できるバイオマーカーの開発は、喫緊の課題である。腫瘍に対する液性免疫応答は発癌過程の極めて早い段階で誘導されており、それに伴って癌抗原を認識する血中自己抗体が出現することが知られてきた。また、自己免疫疾患や血中自己抗体の存在は、免疫チェックポイント阻害剤の効果やirAEの発症と関連していることが示唆されている。このことから、血液中の抗原や抗原―自己抗体複合体は、免疫チェックポイント阻害剤の奏功例や無効例の予測だけでなく、重篤なirAEの発症リスクが予測可能なバイオマーカープラットフォームとして有望であると考えられる。本研究の目的は、高感度プロテオーム解析技術を応用した血中タンパク質と抗原―自己抗体複合体の網羅的なプロファイリングから、革新的なICIの効果・副作用予測法の開発を目指すことである。本年度は、新規マススペクトロメトリーの導入に伴い、血漿プロテオーム解析プロトコルの最適化を中心に研究を進め、高深度の血漿タンパク質プロファイリングが可能になった。現在ICI投与前と6週後（またはirAE発症時）に採取されたペア血漿検体のプロテオーム解析を進めている。
  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    Date (from‐to) : 2021/04 -2024/03 
    Author : 伊藤 友一; 細田 和貴; 田口 歩
     
    早期胃癌の多くは根治が期待できるのに対し、遠隔転移を伴う進行胃癌はもっとも予後が不良な固形癌のひとつである。近年のゲノム解析技術の目覚ましい進歩にもかかわらず、進行胃癌の有効な化学療法は限られており、革新的なアプローチによる新規治療法の開発が急務である。そこで、本研究では、プロテオミクスを用いた革新的なアプローチによって、胃癌の克服に取り組む。細胞表面タンパク質は、癌において機能的に重要な役割を果たしているだけでなく、その局在から、直接的な治療標的としても非常に有望である。細胞表面タンパク質は細胞内タンパク質に比べて極めて微量であることから、本研究では胃癌患者から外科手術によって採取された腫瘍検体を用いて患者腫瘍組織移植（patient-derived xenograft; PDX）モデルを樹立し、PDX腫瘍を用いて細胞内タンパク質（サーフェスオーム）解析とリン酸化タンパク解析による活性化シグナル経路同定を中心とした網羅的多層プロテオーム解析を行う。 本年度は、PDXモデルの作成を中心に研究を行った。現在までに胃癌9症例についてPDXモデルを作成した。このうち2症例においては、さらに患者腫瘍由来細胞株（PDC）を樹立した。高度免疫不全モデルであるRag-2/Jak3二重欠損マウスを用いたPDXモデルの作成効率は、26.7％で既報（15～40％）と同程度であった。現在各PDX腫瘍のエクソーム解析、RNAシーケンス解析を行っており、またプロテオーム解析の準備を進めている。
  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    Date (from‐to) : 2021/04 -2024/03 
    Author : 川口 晃司; 金田 真吏; 田口 歩; 伊藤 温志
     
    肺非腺癌である小細胞癌、大細胞癌や扁平上皮癌の5年生存率は45-60％と、肺腺癌と比較して明らかに予後不良である。次世代シーケンシングなどの解析手法の進歩によって、ゲノム情報を中心に肺非腺癌の分子生物学的な知見は集積しつつあるものの、有効な治療法の開発には至っていない。そこで、本研究では、プロテオミクスを用いた革新的なアプローチによって、肺非腺癌の克服に取り組む。細胞表面タンパク質は、癌において機能的に重要な役割を果たしているだけでなく、その局在により、抗体などの免疫治療の直接的な標的として非常に有望である。細胞表面タンパク質は細胞内タンパク質に比べて極めて微量であることから、本研究では、肺非腺癌の腫瘍組織または癌細胞から、患者腫瘍組織移植(PDX)モデルを作成し、エクソーム解析とトランスクリプトーム解析に加えて、サーフェスオーム解析とリン酸化プロテオーム解析を行う。本年度は、高度免疫不全モデルであるRag-2/Jak3二重欠損マウスを用いたPDXモデルの作成を中心に研究を進めた。現在までに小細胞癌1例、扁平上皮癌7例、多形癌1例からのPDXモデルの作成に成功し、多層オミクス解析に供するサンプルの収集を行った。また比較対照とする肺腺癌についても7例においてPDXモデルが作成できた。PDXモデルの作成効率は約25%と、既報の作成効率と同程度であった。現在、各PDX腫瘍において、TMTラベリング試薬を用いたサーフェスオーム解析を進めている。
  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    Date (from‐to) : 2021/04 -2024/03 
    Author : 濱田 俊介; 細田 和貴; 今釜 史郎; 田口 歩
     
    希少がんである骨軟部肉腫の大部分を占める、脂肪肉腫、未分化多形肉腫，平滑筋肉腫，滑膜肉腫などの非円形細胞肉腫においては、化学療法あるいは放射線療法に対する感受性は低い。近年、トラベクテジン、エリブリン、さらに分子標的治療薬であるパゾパニブなどが開発されているものの、その効果は限定的であり、分子生物学的な知見に基づく新たな骨軟部肉腫治療法の開発は、喫緊かつ最重要の課題である。そこで、本研究では、プロテオミクスを用いた革新的なアプローチによって、骨軟部肉腫の克服に取り組む。細胞表面タンパク質は、がんにおいて機能的に重要な役割を果たしているだけでなく、その局在から、直接的な治療標的としても非常に有望である。細胞表面タンパク質は細胞内タンパク質に比べて極めて微量であることから、本研究では骨軟部肉腫患者から外科手術によって採取された腫瘍検体を用いて患者腫瘍組織移植（patient-derived xenograft; PDX）モデルを作成し、PDX腫瘍を用いて細胞内タンパク質（サーフェスオーム）解析とリン酸化タンパク解析による活性化シグナル経路同定を中心とした網羅的多層プロテオーム解析を行う。 本年度は、PDXモデルの作成を中心に研究を行った。現在までに骨軟部肉腫8症例についてPDXモデルを作成した。このうち5症例においては、さらに患者腫瘍由来細胞株（PDC）を樹立した。高度免疫不全モデルであるRag-2/Jak3二重欠損マウスを用いたPDXモデルの作成効率は、27.6％で既報（約30％）と同程度であった。現在各PDX腫瘍のエクソーム解析、RNAシーケンス解析を行っており、またプロテオーム解析の準備を進めている。
  • 日本学術振興会：科学研究費助成事業 挑戦的研究(萌芽)
    Date (from‐to) : 2020/07 -2023/03 
    Author : 田口 歩; 松下 博和; 山口 類
     
    がんワクチン療法は、免疫チェックポイント阻害剤との併用など、複合的がん免疫療法の１つとして大きな期待が寄せられている。個別化がんワクチンのターゲットとなるがん抗原は、現在、次世代シーケンサーによるゲノム情報に基づく、変異ペプチド（ネオアンチゲン）として予測同定されているが、免疫応答を誘導するのは、ネオアンチゲンのごくわずかである。本研究では、患者腫瘍組織移植（PDX）モデルにおいて、プロテオゲノミクスを応用した超高感度HLAクラスI分子結合ペプチド（HLAリガンドーム）解析を開発する。また、血漿中の自己抗体に結合している抗原タンパク質の網羅的プロテオーム解析を行う。これらの解析により、実際にがん細胞表面に提示されている抗原ペプチドと、生体で実際に免疫応答を引き起こしている抗原タンパク質を同定し、その統合的な解析から、真に免疫原性の高いがん抗原を同定する。 本年度は、HLAクラスI分子結合ペプチド解析のde novo同定パイプライン開発を完了した。免疫グロブリン結合タンパク質についても高感度測定系を構築した。また、現在までに膵癌、肺癌、転移性大腸癌などの難治癌約170 症例から、患者腫瘍組織移植（PDX）モデルを作成し、現在各PDX腫瘍のエクソーム解析、RNAシーケンス解析を進めている。 今後は、各症例のエクソーム・トランスクリプトームデータを用いたプロテオゲノミクスパイプラインを統合して最終的ながん抗原同定パイプラインを構築する。
  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    Date (from‐to) : 2020/04 -2023/03 
    Author : 田口 歩; 細田 和貴; 松下 博和; 原 和生; 山口 類
     
    膵癌の5年生存率はわずか10％未満であり、極めて予後が悪い。膵癌のゲノム情報は集積しつつあるが、有効な分子標的治療の開発には至っておらず、革新的なアプローチによって膵癌の克服に取り組む必要がある。 細胞表面タンパク質は、癌において機能的に重要な役割を果たしているだけでなく、その局在から、直接的な治療標的としても非常に有望である。細胞表面タンパク質は細胞内タンパク質に比べて極めて微量であることから、本研究では膵癌患者から採取された臨床検体を用いて患者腫瘍組織移植（patient-derived xenograft; PDX）モデルを作成し、PDX腫瘍を用いて細胞表面タンパク質（サーフェスオーム）解析を行う。現在までに、膵癌43例においてPDXモデルを作成した。このうち15症例においては、さらに患者腫瘍由来細胞株（PDC）を樹立した。高度免疫不全モデルであるRag-2/Jak3二重欠損マウスを用いたPDXモデルの作成効率は、55.1％と良好であった。膵癌PDX腫瘍について、サーフェスオーム解析、リン酸化プロテオーム解析、RNAシーケンス解析が完了し、現在データ解析を行っている。また、並行して進めていた、膵癌公開データを用いたバイオインフォマティクス解析から、膵癌で過剰発現をしているlncRNAが膵癌細胞においてアポトーシスを抑制していることを見出しており、現在詳細な分子メカニズムの解析を行っている。今後は、PDXのエクソーム解析に加えて、PDCについてもエクソーム解析、RNAシーケンス解析、プロテオーム解析を行う。
  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    Date (from‐to) : 2020/04 -2023/03 
    Author : 阿部 雄一; 田口 歩; 山口 類; 松井 佑介
     
    次世代シーケンサーをの発展とともに15万種超のlncRNA由来マイクロペプチドが予測された一方で、質量分析計で測定されたヒトプロテオームマップでは、同定lncRNA由来マイクロペプチドはわずか9種類だった。マイクロペプチドの分解等の影響を加味しても、これらデータ間の乖離は大きく、実験バイアスによる顕著な同定数低下が示唆された。代表者はこれまでに構築した超高感度プロトコルをマイクロペプチド同定に応用し、内視鏡検体から11種のマイクロペプチドの同定に成功し、その内4種はがん部で有意な発現低下、2種は発現増加を示すことを明らかにした。この結果を踏まえて、これまでに細胞Lysateからの特異的なマイクロペプチド濃縮条件の検討を行ってきた。 培養細胞Lysateからのマイクロペプチド分離条件の検討を進め、Micropeptideを含む低分子タンパク質の濃縮条件最適化を行った。現在、質量分析計側の測定条件の最適化を進めている。またHLAリガンドーム解析の前処理については、タンパク質液体クロマトグラフィーの導入を進めた結果、HLAリガンドのさらなる精製・分画に成功し、HLAリガンド測定の高感度化に成功した。 HLAリガンドの同定アルゴリズムについては、2021年度に導入したThermoScientific社タンパク質サーチエンジンと、De novo peptide sequencingサーチエンジンを組み合わせる事で、通常のヒトタンパク質アミノ酸にMatchするHLAリガンドを単一細胞株から6500超同定することに成功した。現在、共同研究者とマイクロペプチド由来リガンドや、ネオアンチゲン同定の可能なプロテオゲノミクスパイプラインを構築中であり、HLAリガンド同定のさらなる高深度化を目指している。
  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    Date (from‐to) : 2020/04 -2023/03 
    Author : 木下 敬史; 細田 和貴; 田口 歩
     
    大腸癌の生存率向上のためには、再発・転移巣の制御が極めて重要である。次世代シーケンシングなどの解析手法の進歩によって、ゲノム情報を中心に転移性大腸癌の分子生物学的な知見は集積しつつあるものの、有効な治療法の開発には至っていない。そこで、本研究では、プロテオミクスを用いた革新的なアプローチによって、転移性大腸癌の克服に取り組む。細胞表面タンパク質は、癌において機能的に重要な役割を果たしているだけでなく、その局在から、直接的な治療標的としても非常に有望である。細胞表面タンパク質は細胞内タンパク質に比べて極めて微量であることから、本研究では転移性大腸癌患者から採取された臨床検体を用いて患者腫瘍組織移植（patient-derived xenograft; PDX）モデルを作成し、PDX腫瘍を用いて細胞表面タンパク質（サーフェスオーム）解析を行う。現在までに、大腸癌原発巣39例、肝転移巣15例からのPDXモデルを作成した。原発巣、肝転移巣各12症例（うちペア4症例）から得られたPDX腫瘍について、サーフェスオーム解析、リン酸化プロテオーム解析、RNAシーケンス解析が完了し、データ解析を進めている。また、並行して進めていた、in vivo selectionにより樹立した高転移性マウスCT26大腸癌細胞株の解析から、腹膜播種に関連する分子を同定した。今後は、PDX腫瘍の多層オミクス解析を完了し、肝転移に重要な新規治療標的分子を探索同定すると共に、腹膜播種関連分子のさらなる機能解析を進める。
  • 分泌タンパク質SMOC1を標的としたLKB1不活化肺癌における新規治療戦略の構築
    AMED：次世代がん医療創生研究事業
    Date (from‐to) : 2021/04 -2023/03
  • 高深度血漿プロテオーム解析に基づく新規大腸癌早期診断法の開発
    AMED：次世代がん医療創生研究事業
    Date (from‐to) : 2021/04 -2023/03
  • Development of Risk and Early Detection Biomarker for Small Cell Lung Cancer
    NIH/NCI：1U01CA213285-01A1
    Date (from‐to) : 2017/08 -2022/08 
    Author : Samir Hanash
     
    $6,000/year, terminated in Aug 2018
  • Circulating Exosomes as Biomarkers for Lung Cancer Early Detection
    American Cancer Society：RSG-18-001-01-TBG
    Date (from‐to) : 2018/03 -2022/02 
    Author : Ayumu Taguchi
     
    $164,997/year, terminated in Aug 2018
  • NASH 肝癌マウスモデルの超高感度マルチオミクス解析による革新的診断マーカー・治療標的の探索
    AMED：肝炎等克服緊急対策研究事業
    Date (from‐to) : 2020 -2022
  • Pathogenesis and Early Progression of Lung Cancer
    Cancer Prevention Research Institute of Texas：RP160668
    Date (from‐to) : 2016/05 -2021/05 
    Author : Ignacio Wistuba
     
    $6,000/year, terminated in Aug 2018
  • Circulating Exosomes as Biomarkers for Lung Cancer Early Detection
    Cancer Prevention Research Institute of Texas：RP180505
    Date (from‐to) : 2018/03 -2021/02 
    Author : Ayumu Taguchi
     
    $799,085, PI transferred in Aug 2018
  • Integrative molecular profiling for discovery of biomarkers and therapeutic targets in epithelial cancer
    MD Anderson Cancer Center：Start-up Funds
    Date (from‐to) : 2015/12 -2020/11 
    Author : Ayumu Taguchi
     
    $150,000/year, terminated in Aug 2018
  • Incorporating Biomarkers to Improve Lung Cancer Risk Prediction
    NIH/NCI：U01 CA194733-01A1
    Date (from‐to) : 2016/09 -2019/08 
    Author : Ziding Feng
     
    $7,200/year, terminated in Aug 2018
  • Imaging and Molecular Correlates of Progression in Cystic Neoplasms of the Pancreas
    NIH/NCI：U01CA196403
    Date (from‐to) : 2016/09 -2018/08 
    Author : Anirban Maitra
     
    $1,200/year, completed
  • Development of a blood-based biomarker panel for indeterminate lung nodules
    US Department of Defense：W81XWH-15-1-0127
    Date (from‐to) : 2015/08 -2018/07 
    Author : Ayumu Taguchi
     
    $233,606, completed
  • Blood Biomarkers for Lung Cancer Screening, Risk Assessment, and Early Detection
    NIH/NCI：U01 CA186150-01
    Date (from‐to) : 2015/07 -2018/06 
    Author : Ayumu Taguchi
     
    $228,750/year, completed
  • Regulation of dormancy of metastatic prostate cancer cells by bone microenvironment
    Cancer Prevention Research Institute of Texas：RP150179
    Date (from‐to) : 2015/03 -2018/02 
    Author : Sue-Hwa Lin
     
    $6,000/year, completed
  • Exosomal DNA as a surrogate biomarker for early diagnosis and therapeutic stratification in pancreatic cancer
    Cancer Prevention Research Institute of Texas：RP160517
    Date (from‐to) : 2016/03 -2017/02 
    Author : Anirban Maitra
     
    $12,000, completed
  • Development of a blood-based biomarker panel for prediction of recurrence in early stage non-small cell lung cancer
    MD Anderson Cancer Center：Moonshot Program
    Date (from‐to) : 2016/03 -2017/02 
    Author : Ayumu Taguchi
     
    $100,000, completed
  • Blood-based biomarkers for pancreatic cancer early detection
    MD Anderson Cancer Center：Moonshot Program
    Date (from‐to) : 2015/09 -2016/08 
    Author : Anirban Maitra
     
    $12,000/year, completed
  • Blood Based Biomarkers for Lung Cancer Early Detection and Evaluation of CT Based Lesions
    US Department of Defence：W81XWH-09-LCRP-CTRA
    Date (from‐to) : 2010/09 -2015/06 
    Author : Samir Hanash
     
    $20,000/year, completed
  • Mouse Models of Human Cancer Consortium
    NIH/NCI：U01 CA141550
    Date (from‐to) : 2009/09 -2014/08 
    Author : Samir Hanash
     
    $12,000/year, completed

Others

  • 2018 -2018 学術雑誌編集 (Guest editor)
    International Journal of Molecular Sciences, devoted to Molecular Pathology of Lung Cancers
  • 2011 -2011 共同オーガナイザー
    The NCI-Mouse Models of Human Cancer Consortium (MMHCC) Steering Committee Meeting
  • 論文査読委員 (Ad hoc)
    Cancer Cell; Nature Medicine; Cell Reports; Journal of the National Cancer Institute; American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine; Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America; Clinical Cancer Research; Molecular Cancerなど

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