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神沼 英里 (カミヌマ エリ)

  • 芸術工学研究科情報環境デザイン領域 准教授
Last Updated :2022/09/21

研究者情報

学位

  • 博士(工学)

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J-Global ID

プロフィール

  • 名古屋市立大学 芸術工学研究科所属。理化学研究所 環境資源科学研究センター客員研究員を兼任。生命環境科学分野でのAI応用研究が専門。オープンデータ・実験計測データを中心とした生命環境科学分野での自動アノテーション研究に従事。持続可能社会のためのAI Solution Design研究を開始しました。

研究キーワード

  • 人工知能   データサイエンス   デジタルツイン   環境デザイン   AI協働   スマートシティ   生命情報科学   アノテーション   クラウドソーシング   メディア情報処理   

研究分野

  • 人文・社会 / デザイン学
  • 環境・農学 / 自然共生システム
  • 情報通信 / 生命、健康、医療情報学
  • 情報通信 / データベース

経歴

  • 2022年04月 - 現在  豊橋技術科学大学客員准教授
  • 2021年07月 - 現在  国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センター特命准教授
  • 2021年04月 - 現在  名古屋市立大学大学院芸術工学研究科 情報環境デザイン領域准教授
  • 2020年04月 - 2022年03月  理化学研究所環境資源科学研究センター客員研究員
  • 2018年05月 - 2021年03月  東京医科歯科大学医療データ科学推進室特任講師
  • 2018年05月 - 2021年03月  国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センター外来研究員
  • 2017年10月 - 2019年03月  産業技術総合研究所 人工知能研究センター協力研究員
  • 2009年04月 - 2018年04月  国立遺伝学研究所 生命情報研究センター助教
  • 2001年07月 - 2009年03月  独立行政法人理化学研究所研究員
  • 1999年04月 - 2001年06月  和歌山大学 システム工学部Faculty of Systems Engineering助手
  • 1999年02月 - 1999年03月  日本学術振興会特別研究員DC2

学歴

  • 1995年09月 - 1999年03月   奈良先端科学技術大学院大学   Graduate School of Information Science   情報科学研究科 博士課程(博士(工学))
  • 1993年04月 - 1995年03月   奈良女子大学   理学研究科 修士課程
  • 1989年04月 - 1993年03月   奈良教育大学   Undergraduate of Education   教育学部 特別教員養成課程(高校理科)

所属学協会

  • 日本ゲノム微生物学会   日本バイオインフォマティクス学会   人工知能学会   情報処理学会   地理情報システム学会   

研究活動情報

論文

書籍

  • 次世代シーケンサーデータの解析手法 第 8 回 アセンブリ後の解析
    谷澤 靖洋; 神沼 英里; 中村 保一; 遠野 雅徳; 寺田 朋子; 清水 謙多郎; 門田 幸二 (担当:範囲:日本乳酸菌学会誌vol27,No.3)2016年11月
  • 次世代シーケンサーデータの解析手法 第 7 回 ロングリードアセンブリ
    谷澤 靖洋; 神沼 英里; 中村 保一; 遠野 雅徳; 大崎 研; 清水 謙多郎; 門田 幸二 (担当:共著範囲:)乳酸菌学会誌vol27,No.2 解説 2016年07月
  • 次世代シーケンサーデータの解析手法 第 6 回 ゲノムアセンブリ
    谷澤 靖洋; 神沼 英里; 中村 保一; 清水 謙多郎; 門田 幸二 日本乳酸菌学会誌Vol.27, No.1 2016年03月
  • 育種学研究 Vol.17 No.2 2014年第56回シンポジウム(シンポジウム・ワークショップ)報告
    神沼英里; 望月 孝子; 門田 有希; 小林 正明; 大柳 一; 矢野 健太郎 (担当:共著範囲:遺伝研スパコンとコマンドラインでのNGSデータ使い倒し講座)2015年07月
  • 実験医学別冊「次世代シークエンス解析スタンダード」
    長崎英樹; 望月孝子; 谷沢靖洋; 神沼英里; 中村保一 (担当:共著範囲:Ⅵ-4 DDBJ Read Annotation Pipeline 解析パイプラインによるRNA-Seq de novo assemblyとイネ多型解析)羊土社 2014年08月 352-360
  • 育種学研究 Vol. 15 No. 3 2012年第54回シンポジウム(シンポジウム・ワークショッ プ)報告
    神沼 英里; 七夕 高也; 矢野 健太郎; 清水 顕史; 岩田 洋佳 (担当:共著範囲:育種のための情報解析ツール使い倒し塾)日本育種学会 2013年10月 122-127
  • 遺伝子図鑑
    国立遺伝学研究所; 遺伝子図鑑; 編集委員会 (担当:分担執筆範囲:3−9 葉緑体, 11−4 遺伝子のデータベース)悠書館 2013年10月 ISBN: 9784903487793
  • 細胞工学 別冊 「次世代シークエンサー:目的別アドバンストメソッド」
    児玉悠一; 福田亜沙美; 神沼英里; 長崎英樹; 望月孝子; 中村保一 (担当:分担執筆範囲:第8章-3. 次世代シークエンサーのデータアーカイブとその周辺サービス)学研メディカル秀潤社 2012年09月 ISBN: 9784780908558
  • 実験医学増刊号 Vol.29 No.15 使えるデータベース・ウェブツール 4-4
    長崎英樹; 神沼英里 (担当:分担執筆範囲:DDBJの塩基配列解析ツールと登録システム)羊土社 2011年09月 ISBN: 9784758103176
  • 実験医学増刊号 Vol.29 No.15 使えるデータベース・ウェブツール 1-2
    中村保一; 小笠原理; 神沼英里; 菅原秀明; 高木利久; 大久保公策 (担当:分担執筆範囲:DDBJの現在:継承と変革)羊土社 2011年09月 ISBN: 9784758103176
  • 細胞工学2011年8月号 次世代シークエンサーを使いこなす
    神沼英里; 中村保一 (担当:分担執筆範囲:DDBJ Cloud:次世代シークエンサーの配列アーカイブとクラウド型解析ツール)秀潤社 2011年08月 ISBN: 9784780901214
  • 化学と生物 vol.49, No.3 セミナー室
    神沼英里; 中村保一 (担当:分担執筆範囲:クラウド型計算機資源利用に基づいた新型DNAシークエンサ大量配列解析)日本農芸化学会 2011年03月
  • 【マウス表現型解析プロトコール 形態分析から生理機能解析まで】第8章 遺伝子マッピング法
    三浦郁生; 神沼英里; 桝屋啓志 (担当:分担執筆範囲:第8章 遺伝子マッピング法)秀潤社 2006年04月 ISBN: 9784879623003 6 168
  • デザイン情報学入門
    神沼英里 (担当:分担執筆範囲:10 章マルチモーダル情報処理)日本規格協会 2000年04月

講演・口頭発表等

  • 人間とAIの協働化とスマートシティ  [招待講演]
    神沼英里
    令和3年度 第3回名古屋市広域連携に関する研究会 2022年01月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • 植物表現型画像解析と実験研究者向けAI構築プロトコルの開発  [招待講演]
    神沼英里
    理研CSRSインフォマティクス・データ科学推進プログラム成果報告会 2021年12月 口頭発表(招待・特別)
  • 人工知能を用いたデジタルツイン都市の街路樹属性データ自動構築  [通常講演]
    神沼英里
    第30回地理情報システム学会 学術研究発表大会 2021年10月 ポスター発表
  • 植物表現型画像解析のための手作業注釈加速化手法とActive Learning
    神沼英里
    第62回日本植物生理学会年会 データベース講習会 2021年03月
  • 深層学習を用いた植物表現型画像解析とデータアノテーション環境
    神沼英里
    理研CSRSインフォマティクス・データ科学推進プログラム成果報告会 2021年03月
  • 実験研究者のための深層学習入門 第2回 Google Colab環境で自動機械学習と深層画像生成(AutoML,GAN編)  [招待講演]
    神沼英里
    RIKEN CSRS Seminar 2020年12月
  • Edge AIとディープラーニング最新動向  [招待講演]
    アグリゲノム産業研究会 2020年11月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • 実験研究者のための深層学習入門 第1回 Google Colab環境でR言語によりPythonを操作する(画像分類編)  [招待講演]
    神沼英里
    RIKEN CSRS Seminar 2020年11月
  • Eli Kaminuma; Takatomo Fujisawa; Osamu Ogasawara; Masanori Arita; Yasukazu Nakamura
    Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2020(IIBMP2020) 2020年09月 ポスター発表
  • グラフ構造のための深層学習「Graph Neural Networks」の仕組みと研究応用  [招待講演]
    神沼英里
    第61回日本植物生理学会年会WSデータベース講習会 2020年03月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • 神沼英里; 山本泰智; 田中博
    人工知能学会 合同研究会2019 SIG-AIMED-008 2019年11月 口頭発表(一般)
  • 神沼英里
    第2回植物インフォマティクス研究会 2019年09月 口頭発表(招待・特別)
  • 深層学習による採取地別イトマキヒトデの画像分類  [招待講演]
    神沼英里
    RinkaiHackathon 2019 with DDBJing 2019年06月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • 神沼英里
    第60回日本植物生理学会年会WSデータベース講習会 D01-3 2019年03月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • 神沼 英里; 長谷 武志; 竹内 勝之; 五十嵐 夕子; 三留 修平; 田中 博
    第41回日本分子生物学会年会 3LBA-134 2018年11月 ポスター発表
  • Eli Kaminuma; Hiroshi Tanaka
    International Workshop on Data Science 2018 2018年11月 シンポジウム・ワークショップパネル(指名)
  • A Coding Exercise of Deep Learning using Oxford VGG Flower Image Dataset  [招待講演]
    Eli Kaminuma
    RIKEN CSRS Seminar 2018年08月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • 神沼英里
    第59回日本植物生理学会年会WSデータベース講習会 2018年03月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • 神沼英里; 藤澤貴智; 林史; 中村保一; 高木利久; 瀬々潤; 小笠原理
    第12回日本ゲノム微生物学会年会 2018年03月 ポスター発表
  • 藤澤貴智; 森宙史; 谷沢靖洋; 神沼英里; 内山郁夫; 山田拓司; 高橋弘喜; 中村保一; 黒川顕
    日本ゲノム微生物学会年会要旨集 2018年03月
  • 神沼英里
    第1回 DSTEP 講習会 in 三島 2018年01月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • 神沼英里; 藤澤 貴智; 林 史; 西澤 達也; 中村 保一; 小笠原 理
    環境微生物系学会合同大会2017 2017年08月 ポスター発表
  • Eli Kaminuma; Takatomo Fujisawa; Fumi Hayashi; Tatsuya Nishizawa; Yasukazu Nakamura; Osamu Ogasawara
    NIG International Symposium 2017 2017年05月 ポスター発表
  • 配列注釈オープンデータに基づくDNA Smart Taggerの開発  [通常講演]
    神沼英里; 藤澤 貴智; 林史; 西澤 達也; 中村 保一; 小笠原 理
    NGS現場の会第5回大会 2017年05月 ポスター発表
  • 神沼英里; 林史
    国立遺伝学研究所 一般公開 2017年04月
  • Mai Minamikawa; Keisuke Nonaka; Eli Kaminuma; Hiromi Kajiya-Kanegae; Akio Onogi; Shingo Goto; Terutaka Yoshioka; Atsushi Imai; Takeshi Hayashi; Atsushi Toyoda; Asao Fujiyama; Yasukazu Nakamura; Tokurou Shimizu; Hiroyoshi Iwata
    Plant & Animal Genome Conferenece XXIV W147 2017年01月 シンポジウム・ワークショップパネル(公募)
  • Takako Mochizuki; Hiromi Kajiya-Kanegae; Yasuhiro Tanizawa; Takatomo Fujisawa; Tazro Ohta; Naruo Nikoh; Tokurou Shimizu; Atsushi Toyoda; Asao Fujiyama; Nori Kurata; Hideki Nagasaki; Hiroyoshi Iwata; Eli Kaminuma; Yasukazu Nakamura
    Plant & Animal Genome Conferenece XXIV P0330 2017年01月 ポスター発表
  • 神沼英里; 馬場雪乃; 望月正弘; 松本拡高; 尾崎遼; 岡山利次; 加藤卓也; 沖真弥; 小笠原理; 鹿島久嗣; 高木利久
    第39回日本分子生物学会年会 2LBA-015 2016年12月 ポスター発表
  • 神沼英里
    DDBJデータ解析チャレンジキックオフ講習会 2016年07月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • 神沼英里; 望月芳樹; 藤澤貴智; 馬場雪乃; 藤山秋佐夫; 鹿島久嗣; 中村保一
    2016年度人工知能学会全国大会(第30回) 2016年06月
  • 清水徳朗; 北島宣; 野中圭介; 吉岡照高; 太田智; 後藤新悟; 神沼英里; 中村保一
    平成28年園芸学会春季退会 2016年03月
  • Mochizuki T; Tanizawa Y; Fujisawa T; Nikoh N; Shimizu T; Toyoda A; FUjiyama A; Kurata N; Nagasaki H; Kaminuma E; Nakamura Y
    Plant & Animal Genome Conference XXIV 2016年01月 ポスター発表
  • Kodama Y; Mashima J; Kaminuma E; Ogasawara O; Okubo K; Nakamura Y; Takagi T
    Plant & Animal Genome Conference XXIV 2016年01月 ポスター発表
  • Minamikawa M; Nonaka K; Kaminuma E; Kanegae H; Onogi A; Goto S; Yoshioka T; Imai A; Toyoda A; Fujiyama A; Hayashi T; Nakamura Y
    Plant & Animal Genome Conference XXIV 2016年01月
  • 望月孝子; 鐘ケ江弘美; 谷澤靖洋; 藤澤貴智; 二河成男; 清水徳朗; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 藤山秋佐夫; 倉田のり; 長崎英樹; 岩田洋佳; 神沼英里; 中村保一
    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2016年
  • T. Shimizu; E. Kaminuma; K. Nonaka; T. Yoshioka; S. Goto; T. Matsumoto; Y. Katayose; T. Mochizuki; Y. Tanizawa; A. Toyoda; A. Fujiyama; Y. Nakamura
    III INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON CITRUS BIOTECHNOLOGY 2016年 INT SOC HORTICULTURAL SCIENCE
     
    The large-scale genotyping assay is a prerequisite for modern genetic analysis, and single-nucleotide polymorphism (SNP) markers that enable high-throughput genotyping are widely used for genome-wide association studies (GWAS) and genomic selection (GS). However, SNP markers randomly selected from limited genome data often fail in genotyping certain citrus crosses because of high genetic diversity and frequent polymorphism among accessions. Ambiguous markers that may yield false genotyping results add undesired bias to GWAS and GS. In this study, we aimed to select an SNP marker set that minimise genotyping failure among a wide range of citrus varieties. We initially selected 15 ancestral varieties for an SNP discovery panel. Possible SNP regions among the cultivars in the panel were extracted by next-generation sequencing (NGS). The selected SNPs were evaluated for their scores and also their distances to adjacent SNPs. We consequently selected the 756 most discriminative SNPs according to their position in the reference genome sequence and designed a GoldenGate SNP array. Genotyping of 120 citrus cultivars passed 674 SNP markers according to their scores. The robustness and versatility of the passed SNP markers were evaluated with nine validated trios, and consistent SNP markers were selected. Using these consistent markers, we confirmed cross combinations of 71 trios. Equivocal SNP markers that showed combination-dependent aberrant segregation were eliminated, leaving 598 SNP markers. The genotypes obtained with the selected SNP markers were consistent in the 80 trios. These results demonstrate SNP discovery in diverse citrus cultivars using NGS technology and SNP marker design according to a reference genome, and show that validating genotypes with multiple trios permitted the design of robust and versatile SNP markers. They will contribute to accurate GWAS and GS analysis in citrus cultivars.
  • MetaSUB Japan project & other crowdsourcing studies  [招待講演]
    神沼英里
    慶應大学SFC コテージセミナ 2015年12月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • 神沼英里
    第33回 DDBJing 講習会 in 東京 2015年11月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • Eli Kaminuma
    ROIS平成27年度若手研究者クロストーク 2015年08月 ポスター発表
  • 神沼英里; 望月芳樹; 藤澤貴智; 馬場雪乃; 佐藤行人; 山下理宇; 藤山秋佐夫; 鹿島久嗣; 中村保一
    NGS現場の会 第4回研究会 2015年07月
  • 鐘ケ江 弘美; 望月 孝子; 神沼 英里; 南川 舞; 小林 正明; 豊島 裕美; 大柳 一; 高梨 秀; 永野 惇; 徳永 毅; 佐塚 隆志; 矢野 健太郎; 中村 保一; 堤 伸浩; 岩田 洋佳
    NGS現場の会 第4回研究会 2015年07月
  • 谷沢靖洋; 神沼英里; 中村保一; 有田正規
    NGS現場の会 第4回研究会 2015年07月
  • 坂 季美子; 谷沢 靖洋; 長崎 英樹; 望月 孝子; 坂本 直子; 神沼 英里; 中村 保一
    NGS現場の会 第4回研究会 2015年07月 つくば国際会議場
  • Pathomap Japan Node  [招待講演]
    Suzuki H; Kaminuma E; Sato Y; Yamashita R
    1st MetaSUB Summit, The MetaSub Consortium Meeting 2015年06月 シンポジウム・ワークショップパネル(指名)
  • 神沼英里
    静岡県高等学校理科教育研究会 東部支部協議会 講演会 2015年06月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • ソルガムリファレンスパネルの全ゲノム配列を利用した遺伝子型予測  [通常講演]
    鐘ケ江 弘美; 望月 孝子; 神沼 英里; 南川 舞; 小林 正明; 豊島 裕美; 大柳 一; 高梨 秀樹; 永野 惇; 徳永 毅; 佐塚 隆志; 矢野 健太郎; 中村 保一; 堤 伸浩; 岩田 洋佳
    日本育種学会第127回講演会 2015年03月
  • カンキツの果実形質におけるゲノミックセレクションとゲノムワイドアソシエーション解析の可能性  [通常講演]
    南川 舞; 野中 圭介; 神沼 英里; 鐘ケ江 弘美; 小野木 章雄; 後藤 新悟; 吉岡 照高; 今井 篤; 林 武司; 中村 保一; 清水 徳朗; 岩田 洋佳
    日本育種学会第127回講演会 2015年03月
  • Leveraging the crowd to advance specimen collection, data curation and computational modeling  [通常講演]
    Eli Kaminuma
    The 1141st NIG colloquium 2015年02月
  • Mochizuki T; Tanizawa Y; Fujisawa T; Nikoh N; Toyoda A; Fujiyama A; Kurata N; Nagasaki H; Shimizu T; Kaminuma E; Nakamura Y
    Plant & Animal Genome XXIII 2015年01月
  • Shimizu T; Kitajima A; Yoshioka T; Nonaka K; Goto S; Kaminuma E; Nakamura Y
    Plant & Animal Genome XXIII 2015年01月
  • 谷沢靖洋; 谷沢靖洋; 遠野雅徳; 神沼英里; 中村保一; 有田正規
    日本ゲノム微生物学会年会要旨集 2015年
  • Eli Kaminuma; Yukino Baba; Takatomo Fujisawa; Asao Fujiyama; Hisashi Kashima; Yasukazu Nakamura
    GIW / ISCB-Asia 2014 2014年12月 ポスター発表
  • 神沼英里; 馬場雪乃; 藤澤貴智; 藤山秋佐夫; 鹿島久嗣; 中村保一
    第37回日本分子生物学会年会 2014年11月 ポスター発表
  • DNApod : NGSアーカイブ配列からの統合DNA多型注釈データベース 生物横断的解析への活用  [通常講演]
    望月孝子; 谷澤靖洋; 藤澤貴智; 長崎英樹; 神沼英里; 清水徳朗; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 倉田のり; 二河成男; 中村保一
    第37回日本分子生物学会年会 2014年11月
  • 神沼英里; 藤澤貴智; 馬場雪乃; 鹿島久嗣; 中村保一
    日本育種学会第126回講演会 2014年09月 ポスター発表
  • 神沼英里; 望月孝子; 長崎英樹; 谷沢靖洋; 小笠原理; 大久保公策; 高木利久; 中村保一
    日本育種学会第126回講演会「NGS 使い倒し講座 - Breeding Informatics 研究 XIII」 2014年09月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • ソルガムの HapMap の構築とゲノム育種への利用  [通常講演]
    鐘ケ江 弘美; 望月 孝子; 神沼 英里; 南川 舞; 小林 正明; 豊島 裕美; 大柳 一; 高梨 秀樹; 永野 惇; 徳永 毅; 佐塚 隆志; 矢野 健太; 郎; 中村 保一; 堤 伸浩; 岩田 洋佳
    日本育種学会第126回講演会 2014年09月 都城市
  • 神沼英里
    日本学術会議学術フォーラム「生命情報ビッグデータ時代における新しい生命科学」 2014年08月 
    http://www.scj.go.jp/ja/event/pdf2/195-s-0829.pdf
  • 神沼英里
    遺伝研スーパーコンピュータユーザー会 2014年07月 その他
  • 神沼 英里; 馬場雪乃; 藤澤貴智; 鹿島久嗣; 中村保一
    2014年度人工知能学会全国大会 2014年05月 シンポジウム・ワークショップパネル(公募)
  • 神沼英里; 望月孝子; 長崎英樹; 谷沢靖洋; 大久保公策; 高木利久; 中村保一
    第125回日本育種学会講演会「NGS 使い倒し講座 - Breeding Informatics 研究 XII」 2014年03月 シンポジウム・ワークショップパネル(指名)
  • 神沼 英里; 馬場雪乃; 藤澤貴智; 鹿島久嗣; 中村保一
    クラウドソーシングとビッグデータに関するワークショップ 2014年02月 シンポジウム・ワークショップパネル(指名)
  • 大規模ゲノム配列の解析システム構築:次世代シークエンサ・アーカイブ 配列を 用いた植物・微生物の系統間多型解析ワークフロー  [通常講演]
    神沼英里
    ROIS融合研究 2014年度葉山合宿「遺伝機能システム」第2期(H22-H27FY)成果発表 (1) 次世代シーケンサによるゲノム関連情報の大規模生産とその情報解析手法の開発 2014年02月 口頭発表(一般)
  • Takako Mochizuki; Takatomo Fujisawa; Yasuhiro Tanizawa; Hideki Nagasaki; Eli Kaminuma; Tokurou Shimizu; Atsushi Toyoda; Asao Fujiyama; Nori Kurata; Naruo Nikoh; Yasukazu Nakamura
    International Plant & Animal Genome XXII 2014年01月 ポスター発表
  • NGS由来ゲノムワイド多型マーカ構築とそのRDF注釈情報統合化  [通常講演]
    神沼 英里; 藤澤 貴智; 望月 孝子; 谷沢 靖洋; 豊田 敦; 藤山 秋佐夫; 倉田 のり; 清水 徳朗; 中村 保一
    第36回日本分子生物学会年会 2013年12月 ポスター発表
  • DNA多型統合データベースと解析ワークフローの構築 : 植物、微生物への取り組み  [通常講演]
    望月 孝子; 藤澤 貴智; 谷澤 靖洋; 長崎 英樹; 神沼 英里; 大柳 一; 清水 徳朗; 豊田 敦; 藤山 秋佐夫; 倉田 のり; 二河 成男; 中村 保一
    第36回日本分子生物学会年会 2013年12月 ポスター発表
  • カンキツおよび乳酸菌ゲノムのde novoアセンブリ手法とDDBJ Pipeline  [通常講演]
    谷澤 靖洋; 望月 孝子; 長崎 英樹; 藤澤 貴智; 神沼 英里; 遠野 雅徳; 清水 徳朗; 豊田 敦; 藤山 秋佐夫; 倉田 のり; 中村 保一
    第36回日本分子生物学会年会 2013年12月 ポスター発表
  • Genome Refine: ゲノムアノテーションの精緻化と解析支援のためのサービス  [通常講演]
    藤澤 貴智; 森 宙史; 岡本 忍; 山本 泰智; 片山 俊明; 川島 秀一; 谷澤 靖洋; 神沼 英里; 大山 彰; 菅原 秀明; 内山 郁夫; 黒川 顕; 中村 保一
    第36回日本分子生物学会年会 2013年12月 ポスター発表
  • 綱渡りワークライフバランス:10年後のワーク、20年後ライフの設計  [招待講演]
    神沼英里
    長岡技術科学大学 男女共同参画事業実行委員会 2013年10月
  • 高速シークエンサ由来配列のアーカイブデータベースと解析パイプライン  [招待講演]
    神沼英里; 望月孝子; 長崎英樹; 児玉悠一; 小笠原理; 大久保公策; 高木利久; 中村保一
    第31回日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム3バイオインフォマティクス講習会 2013年09月 シンポジウム・ワークショップパネル(指名)
  • 高度ゲノム多様性とホモ接合化進行問題を対象とするSNPマーカの設計法  [通常講演]
    神沼英里; 望月孝子; 谷澤靖洋; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 倉田のり; 清水徳朗; 中村保一
    第3回NGS現場の会 2013年09月 ポスター発表
  • DDBJ Pipelineと植物・微生物denovoアセンブリの知見紹介  [通常講演]
    谷澤靖洋; 望月孝子; 長崎英樹; 藤澤貴智; 神沼英里; 遠野雅徳; 清水徳朗; 中村保一
    第3回NGS現場の会 2013年09月 ポスター発表
  • DNA多型統合データベースと解析ワークフローの構築 : 植物、微生物への取り組み  [通常講演]
    望月孝子; 長崎英樹; 谷澤靖洋; 藤澤貴智; 神沼英里; 大柳 一; 清水徳朗; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 倉田のり; 二河成男; 中村保一
    第3回NGS現場の会 2013年09月 ポスター発表
  • Genome Refine: ゲノムアノテーションを自動/手動できれいにするサービス開発  [通常講演]
    藤澤貴智; 森宙史; 岡本忍; 山本泰智; 片山俊明; 谷澤靖洋; 神沼英里; 大山彰 菅原秀明; 内山郁夫; 黒川顕; 中村保一
    第3回NGS現場の会 2013年09月 ポスター発表
  • データ・キュレーションの精度評価とタスク設計 ~ゲノム分野の事例~  [通常講演]
    神沼英里; 藤澤貴智; 中村保一
    第27回日本人工知能学会全国大会 2013年06月 シンポジウム・ワークショップパネル(公募)
  • 新型シーケンサアーカイブ配列からの DNA多型統合データベースと解析ワークフローの構築  [通常講演]
    望月孝子; 長崎 英樹; 神沼 英里; 大柳 一; 清水 徳朗; 豊田 敦; 藤山 秋佐夫; 倉田 のり; 二河 成男; 中村 保一
    日本育種学会 第123回講演会 2013年03月 口頭発表(一般)
  • Liverwort Genome Analysis using DDBJ Pipeline and Construction of the Genome Annotation Database  [通常講演]
    Hideki Nagasaki; Takatomo Fujisawa; Takako Mochizuki; Satoshi Saruhashi; Eli Kaminuma; Kimitsune Ishizaki; Katsuyuki T. Yamato; Takayuki Kohch; Yasukazu Nakamura
    Plant & Animal Genome(PAG) XXI 2013年01月 ポスター発表
  • 新型シーケンサアーカイブ配列からのDNA多型統合データベース DNA Polymorphism annOtation Database (DNApod) の構築  [通常講演]
    望月 孝子; 長崎 英樹; 神沼 英里; 大柳 一; 清水 徳朗; 豊田 敦; 藤山 秋佐夫; 倉田 のり; 二河 成男; 中村 保一
    第35回日本分子生物学会年会 2012年12月 ポスター発表
  • TogoAnnotation: 研究コミュニティのためゲノムアノテーションプラットフォーム構築  [通常講演]
    藤澤 貴智; 岡本 忍; 長崎 英樹; 神沼 英里; 菅原 秀明; 内山 郁夫; 黒川 顕; 中村 保一
    第35回日本分子生物学会年会 2012年12月 ポスター発表
  • カンキツ11品種の全ゲノム配列解読とSNP多型の検出と検証  [通常講演]
    清水 徳朗; 吉岡 照高; 長崎 英樹; 神沼 英里; 豊田 敦; 藤山 秋佐夫; 中村 保一
    第35回日本分子生物学会年会 2012年12月 ポスター発表
  • 遺伝率データベース: 形質関連SNPの注釈情報とPATOアノテーション  [通常講演]
    神沼 英里; 藤澤 貴智; 坂本 直子; 谷澤 靖洋; 倉田 のり; 清水 徳朗; 中村 保一
    第35回日本分子生物学会年会 2012年12月 ポスター発表
  • DDBJパイプラインによるゼニゴケゲノム解析とゲノムアノテーションデータベースの構築  [通常講演]
    長崎 英樹; 藤澤 貴智; 望月 孝子; 猿橋 智; 神沼 英里; 石崎 公庸; 大和 勝幸; 河内 孝之; 中村 保一
    第35回日本分子生物学会年会 2012年12月 ポスター発表
  • Whole genome sequencing and mapping analysis for identifying polymorphism among 11 citrus varieties  [通常講演]
    Shimizu T; Nagasaki H; Kaminuma E; Toyoda A; Fujiyama A; Nakamura Y
    International Citrus Congress 2012 2012年11月 口頭発表(一般)
  • Plant Genome-Phenome Analysis and Integrated Genome Annotation Database: Integration of SNPs using NGS Short Read Archive and Trait Heritability Annotation  [招待講演]
    E. Kaminuma; T. Mochizuki; H. Nagasaki; Y. Kodama; S. Saruhashi; T. Fujisawa; Y. Tanizawa; N. Sakamoto; K. Okubo; T. Takagi; N. Kurata; T. Shimizu; Y. Nakamura
    The 7th Korea-Japan Joint Seminar Bioinformatics for Plant Biotechnology 2012年10月 シンポジウム・ワークショップパネル(指名)
  • DNA Data Bank of Japan ~新型シークエンサからのデータ登録・解析~  [通常講演]
    中村保一; 小笠原理; 神沼英里; 高木利久; 大久保公策
    トーゴーの日シンポジウム2012 2012年10月 ポスター発表
  • 新型シークエンサのアーカイブ配列と解析パイプライン:系統間SNP解析を事例として  [招待講演]
    神沼英里; 望月孝子; 長崎英樹; 児玉悠一; 猿橋智; 大久保公策; 高木利久; 大柳 一; 倉田のり; 清水徳朗; 中村 保一
    第122回日本育種会講演会ワークショップ06 "育種のための情報解析ツール使い倒し塾" 2012年09月 シンポジウム・ワークショップパネル(指名)
  • DDBJ Pipeline, a cloud computing based annotation tool for new-generation sequencing data  [通常講演]
    NGS現場の会 第2回研究会 2012年05月 ポスター発表
  • Sequence Read Archive: explosive growth of sequencing data  [通常講演]
    Yuichi Kodama; Asami Nozaki; Eli Kaminuma; Yasukazu Nakamura; Osamu Ogasawara; Kousaku Okubo; Toshihisa Takagi
    NGS現場の会 第2回研究会 2012年05月 ポスター発表
  • 新型シークエンサ・アーカイブ配列を用いたゲノムワイド統合SNPsの形質注釈  [通常講演]
    Eli Kaminuma; Takako Mochizuki; Hideki Nagasaki; Takatomo Fujisawa; Satoshi Saruhashi; Yuichi Kodama; Tokurou Shimizu; Atsushi Toyoda; Asao Fujiyama; Nori Kurata; Yasukazu Nakamura
    NGS現場の会 第2回研究会 2012年05月 ポスター発表
  • 高速DNAシークエンサ・アーカイブDBとクラウド計算資源利用法  [招待講演]
    神沼英里; 望月孝子; 長崎英樹; 児玉悠一; 猿橋智; 小笠原理; 高木利久
    第121回日本育種会年会、 Breeding Informatics XI 講習会 2012年03月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • Annotation analysis and database construction of DNA polymorphisms from NGS raw Archive DB  [通常講演]
    Takako Mochizuki; Hideki Nagasaki; Eli Kaminuma; Hajime Ohyanagi; Nori Kurata; Naruo Nikoh; Yasukazu Nakamura
    第53回日本植物生理学会年会 2012年03月 ポスター発表
  • 新型シークエンサ・アーカイブDB と大量配列解析パイプライン  [招待講演]
    神沼英里; 望月孝子; 長崎英樹; 児玉悠一; 猿橋智; 高木利久; 大久保公策; 中村 保一
    第53回日本植物生理学会年会シンポジウム データベース講習会 2012年03月 公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等
  • ゲノム情報の集積と園芸研究への利用  [招待講演]
    神沼英里
    H23年度常緑果樹研究会 2012年01月 口頭発表(招待・特別)
  • DDBJ Sequence Read Archive and a cloud-computing based annotation tool for new-generation sequencing data  [通常講演]
    Hideki NAGASAKI; Takako Mochizuki; Eli Kaminuma; Yuichi Kodama; Satoshi Saruhashi; Asami Nozaki; Toshihisa Takagi; Kousaku Okubo; Yasukazu Nakamura
    International Plant and Animal Genome Conference XX 2012 2012年
  • 新型シーケンサ・アーカイブ配列からのDNA多型注釈データベース構築  [通常講演]
    望月孝子; 長崎英樹; 神沼英里; 大柳 一; 倉田のり; 二河成男; 中村保一
    第34回日本分子生物学会年会 2011年12月
  • Diversification and Evolution of two subspecies of Oryza sativa and three wild accessions of Oryza rufipogon  [通常講演]
    OHYANAGI Hajime; NAGASAKI Hideki; NAGATA Toshifumi; MOCHIZUKI Takako; KAMINUMA Eli; NAKAMURA Yasukazu; TAKESHITA Sayumi; AIZU Tomoyuki; TOYODA Atsushi; FUJIYAMA Asao; ZHAO Qiang; HAN Bin; KURATA Nori
    Genes & Genetic Systems 2011年12月
  • 新型シーケンサ・アーカイブ配列のクラウド型解析パイプラインDDBJ Pipeline進捗: de novoアセンブル配列注釈ワークフロー  [通常講演]
    長崎英樹; 望月孝子; 児玉悠一; 猿橋智; 高木利久; 大久保公策; 神沼英里; 中村保一
    第34回日本分子生物学会年会 2011年12月
  • 新型シーケンサ・アーカイブ配列からのDNA多型注釈データベース構築系統識別ワークフローの開発  [通常講演]
    猿橋智; 長崎英樹; 望月孝子; 神沼英里; 中村保一
    第34回日本分子生物学会年会 2011年12月
  • 統合微生物ゲノムアノテーションリファレンスの整備と共用化に向けた取り組み  [通常講演]
    藤澤貴智; 岡本忍; 神沼英里; 菅原秀明; 内山郁夫; 黒川顕; 中村保一
    第34回日本分子生物学会年会 2011年12月
  • 新型シーケンサ・アーカイブ配列からのゲノムワイドIBD推定と系統系譜データベース構築  [通常講演]
    神沼英里; 望月孝子; 長崎英樹; 猿橋智; 中村保一
    第34回日本分子生物学会年会 2011年12月
  • New resources of DNA Data Bank of Japan: DDBJ Omics Archive and BioProject  [通常講演]
    Kodama Y; Nozaki A; Lee K-B; Mashima J; Kaminuma E; Takagi T; Okubo K; Nakamura Y
    第34回日本分子生物学会年会 2011年12月
  • DDBJ created a new Web-based nucleotide sequence data submission tool, code name: D-easy  [通常講演]
    Kosuge T; Mashima J; Tsutui H; Ejima M; Kaminuma E; Takagi T; Okubo K; Nakamura Y
    第34回日本分子生物学会年会 2011年12月
  • DNA Data Bank of Japan  [通常講演]
    中村 保一; 小笠原理; 神沼 英里; 高木 利久; 大久保
    NBDC トーゴーの日シンポジウム2011 2011年10月
  • 微生物ゲノムアノテーションリファレンスの整備と共用化  [通常講演]
    藤澤貴智; 岡本忍; 神沼英里; 菅原秀明; 中村保一
    NBDC トーゴーの日シンポジウム2011 2011年10月
  • マイクロトムゲノム配列の解析  [通常講演]
    青木考; 長崎英樹; 豊田敦; 神沼英里; 辰本将司; 水口洋平; 須田邦裕; 川村慎吾; 矢野健太郎
    日本植物細胞分子生物学会 2011年09月
  • 次世代シーケンサーのアーカイブDBとクラウド型データ解析システムの紹介  [招待講演]
    神沼英里; 児玉悠一; 猿橋智; 望月孝子; 長崎英樹; 高木利久; 大久保公策; 中村保一
    第154回農林交流センターワークショップ 2011年08月
  • DDBJ Sequence Read Archive and a cloud-computing based annotation tool for next-generation sequencing data  [通常講演]
    Hideki Nagasaki; Takako Mochizuki; Yuichi Kodama; Satoshi Saruhashi; Toshihisa Takagi; Kousaku Okubo; Eli Kaminuma; Yasukazu Nakamura?
    The 2nd International Conference on the Progress of “1000 Plant & Animal Reference Genomes Project”. 2011年07月
  • DDBJ Read Annotation Pipeline : 新型シーケンサ由来配列のクラウド型解析パイプライン  [通常講演]
    猿橋 智; 児玉 悠一; 李 慶範; 大城戸 利久; 横山 会美; 長崎 英樹; 望月 孝子; 神沼 英里; 菅原 秀明; 高木 利久; 大久保 公; 中村 保一
    新型シークエンサ若手会、熱海 2011年05月
  • DNA Data Bank of Japan 〜新型シークエンサからのデータ登録・解析  [通常講演]
    猿橋 智; 児玉 悠一; 李 慶範; 大城戸 利久; 横山 会美; 長崎 英樹; 望月 孝子; 神沼 英里; 菅原 秀明; 高木 利久; 大久保 公; 中村 保一
    ゲノム微生物学会 2011年03月
  • DDBJ Read Annotation Pipeline : 新型シーケンサ由来配列のクラウド型パイプライン  [通常講演]
    長崎英樹; 望月孝子; 神沼英里; 渡邊成樹; 児玉悠一; 猿橋智; 菅原秀明; 高木利久; 大久保公; 中村保一
    日本植物生理学会 2011年03月
  • 高速シークエンサーを用いたイネ近縁種の比較ゲノム解析  [通常講演]
    永田俊文; 大柳一; 長崎英樹; 望月孝子; 神沼英里; 中村保一; 会津智幸; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 倉田のり
    日本植物生理学会 2011年03月
  • マイクロトムゲノム配列解読  [通常講演]
    青木考; 長崎秀樹; 神沼英里; 須田邦裕; 川村慎吾; 矢野健太郎; 辰本将司; 水口洋平; 豊田敦
    日本植物生理学会 2011年03月
  • DDBJ Read Annotation Pipeline : 新型シーケンサ由来配列のクラウド型パイプライン  [通常講演]
    長崎 英樹; 望月 孝子; 神沼 英里; 渡邊 成樹; 児玉 悠一; 猿橋 智; 菅原 秀明; 高木 利久; 大久保 公; 中村 保一
    第33回日本分子生物学会年会 2010年12月
  • 高速シークエンサーを用いたイネ近縁種の比較ゲノム解析  [通常講演]
    永田俊文; 長崎英樹; 望月孝子; 神沼英里; 中村保一; 会津智幸; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 倉田のり
    第33回日本分子生物学会年会 2010年12月
  • マイクロトムゲノム配列解読  [通常講演]
    青木考; 長崎英樹; 神沼英里; 須田邦弘; 川村信吾; 矢野健太郎; 辰本将司; 水口洋平; 豊田敦
    第33回日本分子生物学会年会 2010年12月
  • DDBJ Sequence Read Archive / DDBJ Omics Archive  [通常講演]
    児玉 悠一; 猿橋 智; 坂井 勝呂; 神沼 英里; 菅原 秀明; 高木 利久; 大久保 公策; 中村 保一
    第33回日本分子生物学会年会 2010年12月
  • DDBJ Sequence Read Archive and a cloud computing based analytical pipeline,  [通常講演]
    Eli Kaminuma; Hideki Nagasaki; Takako Mochizuki; Yuichi Kodama
    2010 NIG Collaborative Research and Research Meeting: Toward Next Generation Studies of Biodiversity and Bioresources 2010年11月
  • DDBJ Read Annotation Pipeline: A cloud computing based analytical tool for next-generation sequencing data  [招待講演]
    Yasukazu Nakamura; Eli Kaminuma; Takako Mochizuki; Yuichi Kodama; Satoshi Saruhashi; Hideki Nagasaki; Hideaki Sugawara; Toshihisa Takagi; Kousaku Okubo
    RAP7 meeting 2010年10月
  • DDBJ Sequence Read Archive / DDBJ Omics Archive  [通常講演]
    Yuichi Kodama; Saruhashi Satoshi; Eli Kaminuma; Hideaki Sugawara; Toshihisa Takagi; Kousaku Okubo; Yasukazu Nakamura
    4th Biocuration Conference 2010年10月
  • DDBJ Sequence Read Archive / DDBJ Omics Archive  [通常講演]
    児玉悠一; 猿橋智; 神沼英里; 菅原秀明; 高木利久; 大久保公策; 中村保一
    統合データベースプロジェクトシンポジウム「ライフサイエンスの未来へ〜10年先のデータベースを考える〜」 2010年10月
  • 次世代シーケンサのアーカイブDBとクラウド型解析パイプライン  [招待講演]
    神沼英里; 望月孝子; 児玉悠一; 猿橋智; 菅原秀明; 大久保公; 木利久; 中村保一
    第148回農林交流センターワークショップ 「次世代シーケンサーを利用したゲノム解析の実際」 2010年09月
  • DDBJ Sequence Read Annotation Pipeline: A cloud computing-based analytical tool for next-generation sequencing data  [通常講演]
    Eli Kaminuma; Takako Mochizuki; Yuichi Kodama; Satoshi Saruhashi; Hideaki Sugawara; Kousaku Okubo; Toshihisa Takagi; Yasukazu Nakamura
    10th Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust conference on Genome Informatics 2010年09月
  • Towards the draft genome sequence of Oryza officinalis: the initial landmark in Oryza CC genomes  [通常講演]
    Ohyanagi, H; Kaminuma, E; Nagata, T; Mochizuki, T; Nagasaki, H; Nakamura, Y; Aizu, T; Toyoda, A; Fujiyama, A; Kurata, N
    International Rice Genome Sequencing Project (IRGSP) 2010年08月
  • DDBJ Read Annotation Pipeline: A web-based analytical tool for next-generation sequencing data  [通常講演]
    Eli Kaminuma; Takako Mochizuki; Yuichi Kodama; Satoshi Saruhashi; Hideaki Sugawara; Kousaku Okubo; Toshihisa Takagi; Yasukazu Nakamura
    ISMB 2010 : 18th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2010年07月
  • DDBJ Omics Archive and DDBJ Read Annotation Pipeline  [通常講演]
    Yuichi Kodama; Eli Kaminuma; Takako Mochizuki; Hidemasa Bono; Hideaki Sugawara; Toshihisa Takagi; Kousaku Okubo; Yasukazu Nakamura
    13th International MGED Meeting (MGED13) 2010年07月
  • 神沼英里; 望月孝子; 児玉悠一; 猿橋智; 菅原秀明; 大久保公; 木利久; 中村保一
    NIASシンポジウム「イネ遺伝学・分子生物学ワークショップ2010」 2010年07月
  • Plant SNP annotation analysis using a web-based pipeline tool for next-generation sequencing data  [通常講演]
    Eli Kaminuma; Takako Mochizuki; Yuichi Kodama; Satoshi Saruhashi; Hideaki Sugawara; Kousaku Okubo; Toshihisa Takagi; Yasukazu Nakamura
    21st international Conference on Arabidopsis Research 2010年06月
  • Quantification of spatio-temporal gene expression of Arabidopsis LucTag line using digital image sequence analysis  [招待講演]
    E Kaminuma
    Phenome Subcommittee Forum, 21st international Conference on Arabidopsis Research 2010年06月
  • 次世代シーケンサのクラウド型解析パイプライン  [通常講演]
    神沼英里
    AJACS & 第22回DDBJing講習会 in 東京 2010年06月
  • 次世代シークエンサの活用法  [通常講演]
    神沼英里; 望月孝子; 児玉悠一; 猿橋智; 菅原秀明; 大久保公策; 高木利久; 中村保一
    DBCLS AJACS講習会 18 2010年06月
  • 乾燥,低温,塩ストレスおよびABA処理時におけるシロイヌナズナsmall RNAの網羅的探索  [通常講演]
    松井章浩; 神沼英里; 諸沢妙子; 中嶋舞子; 豊田哲郎; 篠崎一雄; 関原明
    日本植物生理学会年会, Mar 18-21 2010年03月
  • mRNA様非コードRNAのNMD機構による抑制,  [通常講演]
    栗原志夫; 松井章浩; 花田耕介; 神沼英里; 川嶋真貴子; 諸澤妙子; Ishida Junko; 田中真帆; 望月芳樹; 篠崎一雄; 豊田哲郎; 関原明
    日本植物生理学会年会, Mar 18-21 2010年03月
  • 次世代高速シークエンサー自動解析パイプラインによるイネ近縁種ゲノム解析  [通常講演]
    永田俊文; 神沼英里; 大柳一; 望月孝子; 中村保一; 会津智幸; 藤山秋佐夫; 豊田敦; 倉田のり
    第117回日本育種学会 2010年03月
  • 次世代高速シークエンサー自動解析パイプラインによるイネ近縁種ゲノム解析  [通常講演]
    永田俊文; 神沼英里; 大柳一; 望月孝子; 中村保一; 会津智幸; 藤山秋佐夫; 豊田敦; 倉田のり
    第51回日本植物生理学会年会 2010年03月
  • DDBJにおける次世代シーケンサデータへの対応  [通常講演]
    神沼英里; 児玉悠一; 望月孝子; 猿橋智; 中村保一
    ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) セミナー 2009年12月
  • 次世代高速シークエンサーを用いた近縁イネゲノム配列データの評価  [通常講演]
    永田俊文; 神沼英里; 大柳一; 望月孝子; 中村保一; 会津智幸; 藤山秋佐夫; 豊田敦; 倉田のり
    第32回日本分子生物学会年会 2009年12月
  • 日本DNAデータバンクの最新活動(RSS情報公開、次世代シークエンサ用の新規アーカイブデータベース、マッピング・アセンブリ解析パイプライン)  [通常講演]
    沼英里; 猿橋智; 児玉悠一; 望月孝子; 紺野剛史; 三村公子; 横山会美; 小菅武英; 小平順子; 柳楽幸子; 鈴木紀美子; 平田郁枝; 真島淳; 中村保一
    第32回日本分子生物学会年会特別企画ナショナルバイオリソースプロジェクト 2009年12月
  • 「DDBJ Read Archive」: 次世代シークエンサからの出力データのためのアーカイ  [通常講演]
    児玉悠一; 猿橋智; 五條堀孝; 舘野義男; 神沼英里; 中村保一; 菅原秀明
    第32回日本分子生物学会年会 2009年12月
  • 次世代シークエンサーのハイスループット・データ解析システム「DDBJ Short Read Annotation Pipeline」の構築  [通常講演]
    神沼英里; 児玉悠一; 大久保公策; 高木利久; 中村保一
    第32回日本分子生物学会年会 2009年12月
  • DDBJ Read Archive and DDBJ Read Annotation Pipeline: An archive database and an analytical tool for next-generation sequence data  [通常講演]
    Eli Kaminuma; Yuichi Kodama; Satoshi Saruhashi; Takeshi Konno; Takako Mochizuki; Hidemasa Bono; Hideaki Sugawara; Kousaku Okubo; Toshihisa Takagi; Yasukazu Nakamura
    The 20th International Conference on Genome Informatics, 2009年12月
  • Evaluation and efficiency of rice genome sequence reads from closely related species using the Next Generation Sequencer  [通常講演]
    Eli Kaminuma; Toshifumi Nagata; Hajime Ohyanagi; Takako Mochizuki; Yasukazu Nakamura; Tomoyuki Aizu; Asao Fujiyama; Atsushi Toyoda; Nori Kurata
    The 6 th International Rice Genetics Symposium 2009年11月
  • DDBJ Read Archiveのご紹介(新型シークエンサへの対応)  [通常講演]
    猿橋智; 児玉悠一; 神沼英里; 五條堀孝; 舘野義男; 中村保一; 菅原秀明
    バイオインフォマティクス推進センター事業(BIRD)第5回研究開発成果報告会 2009年11月
  • DNA Data Bank of Japan (DDBJ) の新展開  [通常講演]
    神沼英里; 中村保一
    情報・システム研究機構シンポジム「情報とシステム2009」 2009年11月
  • Systematic Organization of Gene Expression Data in Japan,  [通常講演]
    Hidemasa Bono; Eli Kaminuma; Yuichi Kodama; Yasukazu Nakamura; Kousaku Okubo; Toshihisa Takagi
    12th International MGED Meeting 2009年10月
  • クリプトクロムの細胞内分布制御が子葉の発達に及ぼす影響  [通常講演]
    第73回植物学会大会, 2009年09月
  • Short Readデータ解析例の紹介  [通常講演]
    神沼英里
    ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) セミナー 2009年08月
  • DNA Data Bank of Japan (DDBJ)  [通常講演]
    中村保一; 神沼英里; 高木利久; 大久保公策
    統合データベースプロジェクト シンポジウム 2009, 2009年06月
  • short read archive(SRA)登録紹介とshort reads データ解析例の紹介  [通常講演]
    神沼 英里; 児玉 悠一
    第21回DDBJing講習会 in 三島 2009年06月
  • Constructing a high-throughput annotation pipeline of next generation sequenceing reads"  [通常講演]
    Eli Kaminuma; Yasukazu Nakamura; Toshihisa Takagi
    4th NIG Poster Workshop 2009年05月
  • シロイヌナズナタイリングアレイを用いた乾燥・低温・塩ストレス・ABA処理条件下での全ゲノムトランスクリプトーム解析  [通常講演]
    松井章浩; 石田順子; 諸沢妙子; 神沼英里; 遠藤高帆; 岡本昌憲; 南原英司; 川嶋真紀子; 金鍾明; 望月芳樹; 小林紀郎; 豊田哲郎; 篠崎一雄; 関原明
    第50回日本植物生理学会 2009年03月
  • タイリングアレイを用いた植物の環境応答に関する全ゲノムトランスクリプトーム解析  [通常講演]
    関原明; 松井章浩; 栗原志夫; 金鍾明; 岡本昌憲; 石田順子; 諸澤妙子; 藤泰子; 中南健太郎; 川嶋真貴子; 田中真帆; 南原英司; 神沼英里; 遠藤高帆; 望月芳樹; 小林紀郎; 花田耕介; 川口修治; 豊田哲郎; 篠崎一雄
    第50回日本植物生理学会年会 2009年03月
  • 超高速シーケンサーによる植物small RNA解析のためのセマンティックウェブ統合データ構築と機能アノテーション  [通常講演]
    神沼英里; 平田直彦; 松下さとみ; 蒔田由布子; 望月芳樹; 小林紀郎; 松井章裕; 栗原志夫; 諸澤妙子; 関原明; 豊田哲郎
    第31 回日本分子生物学会年会, 第81 回日本生化学会大会合同大会BMB2008 2008年12月
  • A Semantic Web-based database integration system as an infrastructure of biomedical informatics  [通常講演]
    Kaminuma, E; Kobayashi,N; Makita,Y; Heida,N; Matsushita,S; Yoshida,Y; Mochizuki,Y; Ishii.M
    International Symposium, CBI Annual meeting 2008 2008年10月
  • 植物形状Template modelを用いたLucTagラインの時空間遺伝子発現定量解析  [招待講演]
    神沼英里; 吉積 毅; 栗山 朋子; 越 智子; 武藤 周; 松井 南; 豊田哲郎
    第72回日本植物学会大会 シンポジウム「バイオイメージングと画像情報処理が拓くもの」 2008年09月
  • Small RNA expression profiling during seed germination in Arabidopsis thaliana  [通常講演]
    Tatematsu, K; Matsui, A; Morosawa, T; Kaminuma, E; Okamoto, M; Toyoda,T; Shinozaki,K; Kamiya,Y; Seki,M; Nambara,E
    The 55th NIBB Conference 2008年09月
  • シロイヌナズナにおける全ゲノムタイリングアレイを用いたRdDM標的遺伝子の同定  [通常講演]
    栗原志夫; 松井章浩; 川嶋真貴子; 諸澤妙子; 石田順子; 神沼英里; 遠藤高帆; 望月芳樹; 小林紀郎; 篠崎一雄; 豊田哲郎; 関原明
    第10回日本RNA学会年会 2008年07月
  • 植物small RNAデータベースの構築と統合化  [通常講演]
    神沼英里; 蒔田由布子; 平田直彦; 松下さとみ; 松井章浩; 諸澤妙子; 栗原志夫; 関原明; 豊田哲郎
    理研の植物オミックス統合データベースワークショップ 2008年06月
  • タイリングアレイ・超高速シーケンサー技術を用いた植物のストレス応答における全ゲノムトランスクリプトーム解析  [通常講演]
    関原明; 松井章浩; 石田順子; 諸澤妙子; 金鐘明; 栗原志夫; 岡本昌憲; 藤泰子; 中嶋舞子; 川嶋真貴子; 南原英司; 神沼英里; 遠藤高帆; 望月芳樹; 小林紀郎; 花田耕介; 豊田哲郎; 篠崎一雄
    第49回日本植物生理学会年会 2008年03月
  • デジタルwhole mount in situ hybridizationに向けたシロイヌナズナLucTagラインの遺伝子発現時系列画像の定量化  [通常講演]
    神沼?英里; 吉積 毅; 栗山 朋子; 越 智子; 武藤 周; 松井 南; 豊田哲郎
    第49回日本植物生理学会年会 2008年03月
  • シロイヌナズナLucTagラインを用いた遺伝子発現定量解析  [通常講演]
    神沼?英里; 吉積 毅; 栗山 朋子; 越 智子; 武藤 周; 松井 南; 豊田哲郎
    人工知能学会第36回分子生物情報研究会(SIG-MBI) 2008年01月
  • シロイヌナズナmiRNA のin silico ターゲット探索における特徴パラメータの決定木分析  [通常講演]
    神沼英里; 松井章裕; 栗原志夫; 諸澤妙子; 関原明; 豊田哲郎
    第30 回日本分子生物学会年会, 第80 回日本生化学会大会合同大会BMB2007 2007年12月
  • タイリングアレイ,454 シーケンサーを用いた乾燥・低温・塩ストレス・ABA 処理条件下での全ゲノムトランスクリプトーム解析  [通常講演]
    関原明; 松井章浩; 金鍾明; 石田順子; 中嶋舞子; 諸澤妙子; 川嶋真貴子; 佐藤将一; 藤泰子; 栗原志夫; 神沼英里; 遠藤高帆; 望月芳樹; 小林紀郎; 豊田哲郎; 篠崎一雄
    第48 回日本植物生理学会年会 2007年03月
  • 乾燥・低温・塩ストレス応答に関するsmall RNA の探索および機能解析  [通常講演]
    松井章浩; 神沼英里; 金鍾明; 中嶋舞子; 諸澤妙子; 佐藤将一; 栗原志夫; 豊田哲郎; 篠崎一雄; 関原明
    第48 回日本植物生理学会年会 2007年03月
  • Arabidopsis whole-genome transcriptome analysis under drought, cold, high-salinity, and ABA treatment conditions using tiling array and 454 sequencing technology  [通常講演]
    Seki M; Matsui A; Kim J.M; Ishida J; Nakajima M; Morosawa T; Kawashima,M; Satou M; To T; Kurihara Y; Kaminuma E; Endo T; Mochizuki Y; Kobayashi N; Toyoda T; Shinozaki K
    The 24th Symposium in Plant Biology ”Gene Silencing: The Biology of Small RNAs and the Epigenome” 2007年01月
  • 植物の環境ストレス応答におけるsmall RNA の機能解析  [通常講演]
    松井章浩; 金鍾明; 中嶋舞子; 諸澤妙子; 佐藤将一; 神沼英里; 豊田哲郎; 関原明; 篠崎一雄
    日本分子生物学会2006 フォーラム「分子生物学の未来」 2006年12月
  • シロイヌナズナ全ゲノムタイリングアレイを用いた乾燥,低温,塩ストレス条件下でのトランスクリプトーム解析  [通常講演]
    関原明; 松井章浩; 金鍾明; 石田順子; 諸澤妙子; 佐藤将一; 中嶋舞子; 川嶋真貴子; 藤泰子; 飯田慶; 郷通子; 望月芳樹; 神沼英里; 遠藤高帆; 豊田哲郎; 篠崎一雄
    日本分子生物学会2006 フォーラム「分子生物学の未来」 2006年12月
  • GMML(Genetic Mapping Markup Language) に基づいた物理情報リンクを持つ形質マッピングツール  [通常講演]
    神沼英里; 桝屋啓志; 三浦郁生; 若菜茂晴; 城石俊彦; 豊田哲郎
    第2 回オミックス医療シンポジウム/第3 回ゲノム医療情報シンポジウム 2006年10月
  • マウスENU ミュータジェネシスにおける原因遺伝子同定のためのハイスループットマッピングシステムの構築  [通常講演]
    三浦郁生; 桝屋啓志; 篠木晶子; 福原有信; 和田由美子; 古瀬民生; 井上麻紀; 美野輪治; 茂木浩未; 土岐秀明; 金田秀貴; 小林喜美男; 神沼英里; 豊田哲郎; 権藤洋一; 野田哲生; 若菜茂晴; 城石俊彦
    第78 回日本遺伝学会大会 2006年09月
  • Arabidopsis whole-genome expression pro?ling undder abiotic stress conditions  [通常講演]
    Seki M; Ishida J; Morosawa T; Matsui A; Kim J.M; Nakajima M; Enju A; To T; Iida K; Go M; Mochizuki Y; Hasegawa Y; Kaminuma E; Toyoda T; Shinozaki K; Umetsu,R; Matsushima,A; Toyoda,T
    The 8th International Congress of Plant Molecular Biology 2006年08月
  • A large scale mouse ENU mutagenesis project : Establishment of high-throughput gene mapping system by the use of SNPs markers in the mouse  [通常講演]
    Miura,I; Masuya,H; Wada,Y; Furuse,T; Inoue,M; Minowa,O; Motegi,H; Toki,H; Kobayashi,K; Kaminuma,E; Toyoda,T; Gondo,Y; Noda,N; Wakana,S; Shiroishi,T
    The 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and The 11th FAOBMB Congress 2006年06月
  • マウスにおけるSNPs マーカーを用いたハイスループットマッピングシステムの構築,  [通常講演]
    三浦郁生; 桝屋啓志; 篠木晶子; 福原有信; 小林喜美男; 神沼英里; 豊田哲郎; 野田哲生; 若菜茂晴; 城石俊彦
    第53 回日本実験動物学会総会 2006年05月
  • 精密計測に基づいた植物の3 次元形状モデリング-シロイヌナズナの葉形状テンプレートモデル  [通常講演]
    神沼英里; 長谷川義和; 平田直彦; 吉積毅; 中澤美紀; 松井南; 豊田哲郎
    第28 回日本分子生物学会年会, ワークショップ, W3L モデル植物ゲノム研究の新展開 2005年12月
  • Evaluation Measures of ’Marker Selection’ and ’Genotype Membership’ in Large-Scale SNP Genotyping  [通常講演]
    Kaminuma,E; Heida,N; Yoshizumi,T; Hasegawa,Y; Nakazawa,M; Matsui,M; Toyoda,T
    The 16th International Conference on Genome Informatics 2005年12月
  • A new method for high-throughput identi?cation of phenotype-responsible mutations by utilizing designable DNA-chips and bioinformatics  [通常講演]
    Toyoda T; Hasegawa Y; Mochizuki Y; Player K; Heida N; Kaminuma E; Kobayashi N; SakurabaY; Gondo Y; Kawai J; Hayashizaki Y; Ikeda K; Masuya H; Wakana S; Shiroishi T
    The 19th International Mouse Genome Conference 2005年11月
  • In silico phenotypic screening method based on statistical modeling for phenome analysis  [通常講演]
    Kaminuma E; Heida N; Yoshizumi T; Hasegawa Y; Nakazawa M; Matsui M; Toyoda T
    Phenome Meeting 2005 2005年10月
  • Power analysis of in silico phenotypic screening method of mutants based on statistical modeling  [通常講演]
    Kaminuma,E; Heida,N; Yoshizumi,T; Hasegawa,Y; Nakazawa,M; Matsui,M; Toyoda,T
    The 10th International Congress of SABRAO 2005年08月
  • ENU ミュータジェネシスにおける高速マッピングシステムの確立  [通常講演]
    三浦郁生; 桝屋啓志; 神沼英里; 東海林梨紗; 篠木晶子; 権藤洋一; 豊田哲郎; 野田哲生; 若菜茂晴; 城石俊彦
    第52回日本実験動物学会総会 2005年05月
  • μ X 線CT スキャナを用いたシロイヌナズナ3 次元形状のモデル化とin silico 表現型解析  [通常講演]
    神沼英里; 長谷川義和; 平田直彦; 吉積毅; 中澤美紀; 豊田哲郎; 松井南
    第46 回日本植物生理学会年会 2005年03月
  • シロイヌナズナのin silico 形態形質解析のための3 次元形状計測システム  [招待講演]
    神沼英里; 平田直彦; 津本裕子; 吉積毅; 山本直樹; 松井南; 豊田哲郎
    第27 回日本分子生物学会年会ワークショップW1R-4 2004年12月
  • In silico positional cloning: a web system for exploration of responsible genes in monogenic and multigenic traits,  [通常講演]
    Toyoda,T; Masuya, H; Kawashima,T; Hasegawa Y; Sezutsu H; Kaminuma,E.,MochizukiY; Hirosawa K; Heida N; Gondo Y; Kawai J; Wakana S; Konagaya A; Hayashizaki Y; Shiroishi T
    The 18th International Mouse Genome Conference 2004年12月
  • A Novel Method for Screening Arabidopsis Mutants in silico based on Statistical Modeling  [通常講演]
    Kaminuma,E; Heida,N; Yoshizumi,T; Nakazawa,M; Matsui,M; Toyoda T
    The 15th International Conference on Genome Informatics, 2004年12月
  • 表現型解析とマッピングのためのBioinformatics  [通常講演]
    神沼英里
    第19 回哺乳動物遺伝学研究会 2004年06月 日本分子生物学会第5 回春季シンポジウム「新しい研究視野の提示」サテライトシンポジウム
  • 「シロイヌナズナにおけるin silico フェノーム解析」および「SNP マーカー遺伝子型の自動評価」  [通常講演]
    神沼英里
    第1 回Phenome 研究会 2004年06月
  • In silico 表現型解析: シロイヌナズナ3 次元形状形質のシステマティックな定量化  [通常講演]
    第45 回日本植物生理学会年会, 2004年03月
  • 3 次元形状測定によるシロイヌナズナecotype(Col-0,Tsu-0) 間の形質値の比較  [通常講演]
    神沼英里; 平田直彦; 津本裕子; 後藤伸治; 小長谷明彦; 松井南; 豊田哲郎
    第26 回日本分子生物学会年会 2003年12月
  • ゲノム情報と転写地図を利用したマウス突然変異体原因候補遺伝子の網羅的探索システムの開発  [通常講演]
    若菜茂晴; 桝屋啓志; 長谷川義和; 神沼英里; 望月芳樹; 広沢桂; 豊田哲郎; 川島麗; 福田史朗; 河合純; 瀬筒秀樹; 権藤洋一; 野田哲生; 小長谷明彦; 林崎良英; 城石俊彦
    第26 回日本分子生物学会年会 2003年12月
  • Computational phenomics: Quantification of the spiral lear trait from the 3D model of Arabidopsis  [通常講演]
    Kaminuma,E; Heida,N; Tsumoto,Y; Matsui,M; Toyoda T; Konagaya, A
    The 14th International Conference on Genome Informatics 2003年12月
  • Bioinformatics for phenome analysis of Arabidopsis thaliana  [通常講演]
    Toyoda,T; Kaminuma,E; Heida,N; Okamoto,N; Tsumoto,Y; Matsui,M
    RIKEN GSC International Symposium 2003: New Frontiers of Plant Functional Genomics, pp.21 2003年05月
  • Candidate Genes at Locus Heterogeneity Closely Lying on Metabolic Pathway: A Hypothesis Test toward Phenotype-to-Genes Search  [通常講演]
    Kaminuma,E; Toyoda,T; Konagaya,A
    International Conference of Genome Informatics, pp.357-358 2002年12月
  • A New Method for Phenome Analysis of Arabidopsis thaliana: Collection of Morphological Information by Using 3-Dimensional Laser Scanner  [通常講演]
    Toyoda,T; Heida,N; Kaminuma,E; Konagaya,A; Okamoto,N; Matsui,M
    International Conference of Genome Informatics, pp.595-596 2002年12月
  • 正準相関分析を用いた感情音声と顔表情のパラメータ冗長性の検討  [通常講演]
    松井九美; 山本英里; 河原英紀
    日本音響学会聴覚研究会資料H-2001-72, Vol.31 (7), pp.543-550 2001年
  • 定位反応実験における純音刺激の周波数差が心拍指標に及ぼす影響  [通常講演]
    山本英里
    第15 回生理・生体工学シンポジウム論文集, pp.153-156 2000年10月
  • 事象関連脳電位による視聴覚刺激の空間配置と注意特性  [通常講演]
    山本英里
    日本音響学会聴覚研究会vol.30, H-2000-9 2000年02月
  • ストリーム重みの制御による異種パラメータの統合法の検討  [通常講演]
    杉本浩史; 山本英里; 中村 哲; 鹿野清宏
    日本音響学会平成11 年度春期研究発表会, 2-1-15, pp.85-86 1999年03月
  • Subjective Evaluation for HMM-based Speech-to-Lip Movement Synthesis  [通常講演]
    Yamamoto,E; Nakamura,S; Shikano,K
    ESCA Workshop of Audio Visual Speech Processing, pp.225-230 1998年12月
  • Speech-to-Lip Movement Synthesis based on EM Algorithm using Audio-Visual HMMs  [通常講演]
    Yamamoto,E; Nakamura,S; Shikano,K
    International Conference on Spoken Language Processsing, pp.1275-1278 1998年12月
  • Lip Movement Synthesis from Speech Based on Hidden Markov Models  [通常講演]
    Yamamoto,E; Nakamura,S; Shikano,K
    IEEE International Conference on Automatic Face and Gesture Recognition’98, pp.154-159 1998年04月
  • HMM を用いた唇動画像合成における学習・合成法の比較評価  [通常講演]
    山本英里; 中村哲; 鹿野清宏
    日本音響学会平成10 年度春期研究発表会2-P-7, Vol.I, pp.307-308 1998年03月
  • HMM を用いた音声からの唇動画像合成  [通常講演]
    山本英里; 中村哲; 鹿野清宏
    人工知能学会研究会”AI シンポジウム’97” 第8 回, pp.21-26 1997年12月
  • EM アルゴリズムを用いたHMM による音声からの唇動画像合成法  [通常講演]
    山本英里; 中村哲; 鹿野清宏
    日本音響学会平成9 年度秋期研究発表会2-Q-33, Vol. I, pp.181-182 1997年09月
  • Speech to Lip Movement Synthesis by HMM  [通常講演]
    Yamamoto,E; Nakamura,S; Shikano,K
    ESCA Workshop of Audio Visual Speech Processing, pp.137-140 1997年09月
  • HMM による音声からの唇画像合成法  [通常講演]
    山本英里; 中村哲; 鹿野清宏
    情報処理学会平成9 年度前期全国大会5H-8, Vol.2, pp.221-222 1997年03月
  • 音声からの唇画像合成におけるコードブックマッピング法とHMM 法の比較  [通常講演]
    山本英里; 中村哲; 鹿野清宏
    日本音響学会平成9 年度春期研究発表会2-7-15, Vol. I, pp.245-246 1997年03月
  • Speech-to-Lip Movement Synthesis by HMM  [通常講演]
    Yamamoto,E; Nakamura,S; Shikano,K
    ATR Symposium on Face and Object Recognition’97, pp.63 1997年
  • Hands-Free Speech Recognition and Lip-Reading/Synthesis by HMM  [通常講演]
    Shikano,K; Nakamura,S; Yamada,T; Takiguchi,T; Yamamoto,E; Inoue,M; Nagai,R; Aoki,T
    International Workshop on Human Interface Technology, pp.47-54 1997年

作品等

MISC

産業財産権

共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 深層学習を用いた都市街路樹のデジタルツイン構築と 道路網上配置デザイン
    日本学術振興会:科研費基盤研究(C)
    研究期間 : 2022年04月 -2025年03月 
    代表者 : 神沼英里, 大野暁彦
  • 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所:国立遺伝学研究所 公募型共同研究(A)
    研究期間 : 2019年04月 -2021年03月 
    代表者 : 神沼英里; 有田正規; 中村保一
  • 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設:公募型共同研究「ROIS-DS-JOINT」2018-2, 2019, 2020
    研究期間 : 2018年11月 -2021年03月 
    代表者 : 神沼英里
  • 農林水産省委託プロジェクト研究「多数の遺伝子が関与する形質を改良する新しい育種技術の開発」
    研究期間 : 2016年04月 -2018年03月 
    代表者 : 野中圭介; 清水徳朗; 神沼英里
  • ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進
    文部科学省ライフサイエンスデータベース統合推進事業:
    研究期間 : 2014年04月 -2018年03月 
    代表者 : 研究代表者; 黒川顕
  • 農林水産省委託プロジェクト研究「多数の遺伝子が関与する形質を改良する新しい育種技術の開発」:
    研究期間 : 2013年07月 -2016年03月 
    代表者 : 清水徳朗, 神沼英里
  • JST:CREST H26年度 特定課題調査費
    研究期間 : 2014年10月 -2015年03月 
    代表者 : 鹿島久嗣; 松原繁夫; 森嶋厚行; 小山聡; 櫻井祐子; 大向 一輝; 馬場雪乃; 神沼英里
  • 日本学術振興会:科研費基盤研究(C)
    研究期間 : 2012年04月 -2015年03月 
    代表者 : 神沼英里
  • JST:CREST H25年度 特定課題調査費
    研究期間 : 2013年11月 -2014年03月 
    代表者 : 鹿島久嗣; 松原繁夫; 森嶋厚行; 小山聡; 櫻井祐子; 神沼英里; 馬場雪乃; 王晶晶; 承成
  • ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物DBの統合
    文部科学省ライフサイエンスデータベース統合推進事業:
    研究期間 : 2011年04月 -2014年03月 
    代表者 : 研究代表者; 黒川顕
  • JST-BIRD:BIRD第2期受託事業
    研究期間 : 2010年04月 -2011年03月 
    代表者 : 菅原秀明; 宮崎智; 鈴木智典; 川本祥子; 大久保公策; 五條堀孝; 中村保一; 神沼英里; 權娟大; 橋智
  • 文部科学省:H22年度 研究開発施設共用等促進費補助金 「ナショナルバイオリソースプロジェクト」
    研究期間 : 2010年04月 -2011年03月 
    代表者 : 青木孝; 豊田敦; 神沼英里
  • 文部科学省:科学研究費補助金(若手研究(B))
    研究期間 : 2006年 -2008年 
    代表者 : 神沼英里; 豊田哲郎; 松井南; 吉積毅
     
    モデル植物であるシロイヌナズナを3次元形状計測し、コンピュータ上で3次元形状モデルを再構築し、形状モデルベースで表現型の解析や変異体スクリーニングを行う手法の確立を目的としている。マイクロX線CTを用いて野生型Columbia系統やトライコーム変異体系統の個体形状3次元モデル化を行い、定量表現型解析の研究発表や論文投稿を行った。更に、シロイヌナズナの野生型3次元標準形状モデルを作成する第一歩として、まず2次元画像ベースで植物の葉と根の標準形状モデル化を行った。具体的には、植物の葉と根の形状をモデル化するための、ランドマークと呼ばれる標識点をベースとした標準形状テンプレートモデルを定義した。この形状テンプレートモデルを使って、変異体の空間的な遺伝子発現値を、画像解析技術を使って定量抽出する応用研究を行った。2次元画像ベースでルシフェラーゼ発光量から遺伝子発現値を計測する装置を使って、2次元時系列画像情報を収集した。また2次元画像ベースから3次元標準モデルに発現値を疑似カラーマッピングする方法を提案した。位置情報として、葉や根の2次元標準形状モデルを提案した。具体的にはphoton countingカメラシステムを使い、理研PSCで開発されたシロイヌナズナのLuciferase Tagging Lines を用いて2次元発光発現の時系列画像データを収集し、形状モデルをあてはめて構...
  • 文部科学省:科学研究費補助金(若手研究(B))
    研究期間 : 2004年 -2005年 
    代表者 : 神沼英里
     
    モデル植物であるシロイヌナズナを3次元形状計測し、コンピュータ上で「変異体スクリーニング」を行う手法の確立を目指して研究を進めている。先に使用していた3次元形状計測装置は、レーザで表面形状を測定するもので解像度や測定範囲は固定されている。よって対象形質は播種から2週間ほどのStageでのロゼット葉形質に限られ、よりミクロな形質や成体レベルのマクロ形質は計測が不可能であった。本研究では、μX線CT装置を利用してシロイヌナズナ個体の3次元立体形状計測を行い、葉面特異的分化器官であるトライコームの形質の定量化を試みた。具体的には、μX線CT装置を使ったシロイヌナズナ形状計測のための条件探索を行なった。トライコームの抽出には、シロイヌナズナの本葉をデータとして抽出すれば良いが、非破壊にするため子葉も含む個体全体の形状を計測した。次に計測した3次元画像(ボクセルデータ)から3次元表面形状データを生成し、植物体の3次元表面形状モデルを再構築した。特に植物体の表面形状を抽出するための、ボクセル値の閾値を調査した。再構築モデルを生成すると、全体形状から接続関係を調べてノイズの部分を除去し、植物個体の3次元表面形状モデルを生成した。この個体から本葉部分を抽出し、画像処理アルゴリズムを応用してトライコーム形状の形質定量化を行った。試験撮影や条件探索については、2005年3月の植物生理学会にて発表...
  • 文部科学省:科学研究費補助金(基盤研究(C))
    研究期間 : 2000年 -2001年 
    代表者 : 山本英里
     
    本研究では、3次元CGモデルを用いてユーザ同士が会話する環境を考え、特にコミュニケーションとして重要な「発声の合成」に注目し、ユーザの個人性を反映したCGモデルの構音の制御を目指す。ユーザが他のユーザと仮想空間を共有しコミュニケーションを図るとき、3次元CGモデルを音声やテキストなどの入力情報から制御すれば画像情報を直接伝送する場合に比べて低ビットの通信が実現出来る。しかしCGモデルによる合成画像は、発話や感情表現などの動的制御に関しては視る者に違和感を与えるため、より人間らしい正確な動きの合成が望まれる。本研究では発話制御に着目して、発話データを解析することにより正確な動きを生成する唇のCGモデルを構築する。特に今まで注目されていなかった個人性をCGモデルに反映させ、より人間らしい正確な発話動作の制御を目指す。初年度の研究では、静的データと動的データの収集を行なった。静的データは非接触3次元デジタイザにより収録された。動的データの方は、3次元位置計測装置とマイクロフォン・アンプ・AD装置を用いて収集された。3次元位置動的データと音データの収録は、双方の同期を厳密に取る事が難しい為に、同期用の専用装置を用いた。特に、3次元位置計測装置の場合で、測定装置の条件設定が収録データの品質に大きく影響するため、様々な測定条件の試行を重ねて、最適な条件を求めた。
  • HMMを用いた音声からの唇画像合成法
    日本学術振興会:特別研究員 DC2
    研究期間 : 1999年02月 -1999年03月 
    代表者 : 山本英里

担当経験のある科目

  • 情報工学基礎
  • デザインと情報(担当回:データサイエンス)
  • 芸術工学概論B(担当回:データサイエンス)
  • 芸術工学実習(D) 5 [AI・データサイエンス]
  • IoT・時系列解析東京医科歯科大学 医療・創薬データサイエンスコンソーシアム2019, 2020
  • オープンデータ入門東京医科歯科大学 医療・創薬データサイエンスコンソーシアム2019, 2020
  • 深層学習の基礎技術I, II東京医科歯科大学 医療・創薬データサイエンスコンソーシアム2019, 2020
  • NGS解析入門I, II東京医科歯科大学 医療・創薬データサイエンスコンソーシアム2019, 2020
  • Linux実習東京医科歯科大学 医療・創薬データサイエンスコンソーシアム2018,2019,2020
  • 次世代シーケンサ解析I, II, III東京医科歯科大学 医療・創薬データサイエンスコンソーシアム2018

社会貢献活動

  • スマートシティとAI
    期間 : 2021年11月13日 - 2021年11月13日
    役割 : 講師
    種別 : 講演会
    主催者・発行元 : 名古屋市立大学
    イベント・番組・新聞雑誌名 : 令和3年度市民公開講座 第8回
  • 画像認識AIによる植物分類精度調査
    期間 : 2017年08月24日
    役割 : 助言・指導
    主催者・発行元 : 職場体験学習(静岡県立韮山高等学校2名)
  • 期間 : 2017年04月08日
    役割 : 講師
    種別 : 施設一般公開
    イベント・番組・新聞雑誌名 : 国立遺伝学研究所 一般公開
  • クラウドサイエンス体験学習
    期間 : 2016年08月04日
    役割 : 助言・指導
    イベント・番組・新聞雑誌名 : 職場体験学習(御殿場南高校1年生6名)
  • クラウドサイエンス体験学習
    期間 : 2015年11月13日
    役割 : 助言・指導
    種別 : セミナー・ワークショップ
    主催者・発行元 : 職場体験学習(三島市山田中学校5名)
    中学生
  • クラウドサイエンス体験学習
    期間 : 2015年08月20日
    役割 : 助言・指導
    種別 : セミナー・ワークショップ
    主催者・発行元 : 職業体験学習(静岡雙葉中学校2名、静岡県立韮山高等学校2名)
  • 「綱渡りワークライフバランス:10年後のワーク、20年後ライフの設計」
    期間 : 2013年10月19日
    役割 : 講師
    種別 : 講演会
    主催者・発行元 : 長岡技術科学大学 男女共同参画事業実行委員会 講演会

メディア報道

  • 静岡新聞夕刊こち女 リケジョ特集「2児の母"生命の謎"探究」
    報道 : 2015年10月02日
    発行元・放送局 : 静岡新聞
     新聞・雑誌
  • 研究者時計「人間の手作業を情報技術でサポート」
    報道 : 2014年05月29日
    発行元・放送局 : 総研大2014年度学生セミナー実行委員会
     インターネットメディア

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