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Advance

SUZUKI Yoshiyuki

    Graduate School of Science Division of Biological Science　Professor
Contact： yossuzuknsc.nagoya-cu.ac.jp
Last Updated :2025/10/25

Researcher Information

URL

J-Global ID

Research Interests

  • 病気   ウイルス   分子進化   

Research Areas

  • Life sciences / Virology

Academic & Professional Experience

  • 2010/10 - Today  Professor, Graduate School of Natural Sciences, Nagoya City University
  • 2002/03 - 2010/09  Assistant Professor, Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics
  • 1999/04 - 2002/02  Research Fellow, Japan Society for the Promotion of Science
  • Visiting Research Associate, The Pennsylvania State University
  • Assistant Professor, Department of Genetics, School of Life Science, The Graduate University for Advanced Studies
  • Research Fellow, The Pennsylvania State University

Education

  • 1995/04 - 1999/03  秋田大学大学院医学研究科
  • 1989/04 - 1995/03  Akita University Faculty of Medicine

Association Memberships

  • Society for Molecular Biology and Evolution   The Molecular Biology Society of Japan   Society of Evolutionary Studies, Japan   The Japanese Society of Virology   The Genetics Society of Japan   

Published Papers

Books etc

  • 突然変異主導進化論
    根井 正利; 鈴木 善幸; 野澤 昌文 (Joint translation)丸善出版 2019/04
  • 生命情報学キーノート
    池尾 一穂; 鈴木 善幸; 五條堀 孝 (Joint translation)シュプリンガー・フェアラーク東京 2003/12

MISC

Awards & Honors

  • 2006 Young Investigator’s Award, Genetics Society of Japan
  • 2006 Young Scientist Initiative Award, Society of Evolutionary Studies, Japan

Research Grants & Projects

  • 日本学術振興会：科学研究費助成事業
    Date (from‐to) : 2019/04 -2023/03 
    Author : 鈴木 善幸
     
    本研究は、分子進化学的・生命情報学的手法をもちいて、高分節型RNAウイルスであるオルソミクソウイルス科、レオウイルス科に属するウイルスの各ゲノム分節に存在するパッケージング・シグナルを同定することを目的としている。2021年度には、オルソミクソウイルス科、レオウイルス科においてパッケージング・シグナルの検出に適したウイルス種対を新たに選定することを目的とした。その条件は、遺伝子再集合体を産生せず、近縁で、すべてのゲノム分節の塩基配列情報が利用可能なことである。レオウイルス科で、上記の条件を満たすウイルス種対として、哺乳類ロタウイルスとトリロタウイルスが考えられた。哺乳類ロタウイルスもトリロタウイルスも、ゲノムは11本の二本鎖RNAからなる。ゲノム分節は長い方から1番～11番と番号がふられており、それぞれ、構造タンパク質VP1-VP4、VP6、VP7、非構造タンパク質NSP1-NSP4、NSP5/6をコードしている。国際塩基配列データベースに登録されている塩基配列データを調査することにより、11本のゲノム分節のすべてについて全長にわたって塩基配列が決定されているウイルス株は、哺乳類ロタウイルスでは241株、トリロタウイルスでは12株あることが分かった。これらの塩基配列を抽出し、11本のゲノム分節のそれぞれについて、合計253本の塩基配列をMAFFTにより多重整列し、MEGAをもちいて系統樹を作成した。ゲノム分節間で作成された系統樹の樹形を比較したところ、すべてのゲノム分節において、哺乳類ロタウイルスとトリロタウイルスはきれいに独立したクラスターを形成することが分かった。また、哺乳類ロタウイルスのクラスター内、トリロタウイルスのクラスター内では、ゲノム分節間で樹形が異なっている場合があることから、遺伝子再集合の痕跡が種内では検出されるが種間では検出されないことが検証された。
  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research
    Date (from‐to) : 2014/04 -2016/03 
    Author : SUZUKI YOSHIYUKI
     
    In the present study, a method for detecting natural selection at single amino acid substitutions is developed and applied to infer the evolutionary mechanism operating on the change in the number of N-liked glycosylation sites in the hemagglutinin protein of H3N2 human influenza A virus. Positive selection is detected for the amino acid substitutions generating N-linked glycosylation sites, suggesting that N-linked glycans shield antigenic sites from immune responses. The method developed in the present study is applicable to a wide variety of evolutionary problems and the results obtained from the analysis of influenza A virus are useful for prophylaxis and treatment against influenza A virus.
  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research
    Date (from‐to) : 2011/04 -2014/03 
    Author : MIZOAKMI Masashi; SUGIYAMA Masaya; MURATA Kazumoto; SUZUKI Yoshiyuki
     
    We have newly developed a detection assay for IFN-lambda3 protein, being encoded by IL28B gene that predict the efficacy of pegylated interferon and ribavirin (Peg-IFN/RBV) therapy for chronic hepatitis C patients. Using this assay, we demonstrated that IFN-lambda3 levels in the supernatant of peripheral mononuclear cells stimulated with toll-like receptor 7 agonist or serum levels of IFN-lambda3 more favorably predict the efficay of Peg-IFN/RBV treatment rather than genetic variation of IL28B. We also demonstrated that human BDCA3+dendritic cells recognize hepatitis C virus and produce IFN-lambda3 through toll-like receptor 3 pathway.
  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research
    Date (from‐to) : 2008 -2010 
    Author : SUZUKI Yoshiyuki
     
    A phylogenetic window analysis method was developed for detecting chronological changes in natural selection. CpG hypermutability was also taken into account for detecting natural selection. It was clarified that converting the alignment of amino acid sequences into that of codon sequences causes biased inference of natural selection. Influenza virus appeared to escape from host immune responses continuously in the tropical region. A method for detecting reassortment from a large number of genomic sequences was also developed.
  • Japan Society for the Promotion of Science：Grants-in-Aid for Scientific Research
    Date (from‐to) : 2005 -2009 
    Author : GOJOBORI Takashi; IKEO Kazuho; SUZUKI Yoshiyuki; ENDO Toshinori; MINETA Katsuhiko; OGURA Atsushi
     
    We developed three-dimensional brain databases for human, mouse, and tunicate, which constitute the platform for constructing disease-information models of neuronal diseases. We also mirrored the three-dimensional mouse brain database of Paul Allen Brain Institute of the United States, and compared gene expression patterns in human and mouse brains. In particular, we clarified the protein-protein interaction network of the proteins associated with the Altzheimer's disease.
  • 日本学術振興会：科学研究費助成事業
    Date (from‐to) : 2005 -2007 
    Author : 鈴木 善幸
     
    ワクチンの有効性の高い狂犬病ウイルスの外被糖蛋白質遺伝子を解析し、中和抗原領域に正の自然選択が働いておらず、おもに負の自然選択が働いていることを明らかにしてきており、このことがワクチンの有効性が高い理由と考えられる。 蛋白質の特定のアミノ酸座位において、アミノ酸の性質を変える置換(非保存的置換)と、アミノ酸の性質を変えない置換(保存的置換)に働いている自然選択圧を区別して検出できる方法として、多くの相同な配列について系統樹を作成し、特定のコドン座位において、系統樹全体で起こった非保存的置換数と保存的置換数を推定し、それらの速度を同義置換速度と比較する方法を開発してきている。コンピューター・シミュレーションにより、この方法では非保存的置換と保存的置換に働いている自然選択圧を独立に検出できること、解析に用いられる系統樹の樹形は相当間違えていても信頼性の高い結果が得られること、さらに、コドン配列の解析においては終止コドン座位を考慮するべきであることなどが明らかになってきた。また、この方法を用いてヒト白血球抗原遺伝子を解析したところ、非保存的置換にも保存的置換にも正の自然選択が働いていること、あるコドン座位において非保存的置換速度が保存的置換速度よりも大きい場合には、必ずしも非保存的置換に正の自然選択が働いているとは限らず、保存的置換に負の自然選択が働いている場合があることなどが明らかになってきた。 ダニ媒介性脳炎ウイルスの塩基配列を国際塩基配列データベースより抽出し、系統解析を行うことによって、このウイルスは日本とロシアの間で最低3回伝播が起こったことが明らかになった。また、伝播の年代は約数百年前と推定され、渡り鳥がウイルスを伝播した可能性が示唆された。
  • 日本学術振興会：科学研究費助成事業
    Date (from‐to) : 2005 -2005 
    Author : 池尾 一穂; 鈴木 善幸
     
    本研究ではHuman Full-length cDNA Annotation Invitational (H-invitational) databaseとHuman Anatomic Gene Expression Library (H-ANGEL)というヒト全長cDNA統合データベース並びその遺伝子発現データより神経系特異的遺伝子を定義し、255個の神経系特異的遺伝子を同定した。現在利用可能な13種の真核生物の完全ゲノム情報と系統関係を用いてこれら255個の神経系特異的遺伝子の進化的出現時期を推定した結果、255個のうち35個(14%)の神経系特異的遺伝子がヒトと酵母が分岐する以前に出現していたことを見出した。これらは神経系を持たない祖先種において、ヒト神経系特異的遺伝子の祖先型が既に14%も存在し、神経系の進化とともに機能や発現パターンを変化させて神経系特異的遺伝子になったことを示唆する。残り86%の神経系特異的遺伝子は、ヒトと酵母の分岐後、神経系の形成や複雑化とともに出現しており、新しい遺伝子の出現により神経系が進化してきたことが示唆された。特に脊索動物から脊椎動物への進化的段階においては61個の遺伝子が出現しており、実に本研究で調べた全体の24%にあたる神経系特異的遺伝子がこの時期に出現していたことになる。H-invitational databaseの約2万遺伝子のうち同時期に出現したのは全体の10%であり、この24%という割合は有意に高いことを見出した。このことは、この高い割合がこの時期に起きたと考えられているゲノムの四倍化のせいではなく、脊索動物から脊椎動物へと進化するこの時期に、特に多くの神経系特異的遺伝子の出現が必要だったことを示唆するものである。またこの61遺伝子のうち20%がタンパク結合に関わる機能を持っていた。これは、新しい遺伝子の出現により新しい分子間の相互作用が形成され、神経系が進化してきた可能性を示唆する。また、ヒトでのみ存在する神経系特異的遺伝子は39個あったが、その内機能のわかっているものは12個しかなかった。

Social Contribution

  • ウイルスの不思議-ウイルスの不思議-
    Date (from-to) : 2019/12
    Role : Lecturer
    Event, Program, Title : 岩倉市生涯学習講座
  • ウイルスの不思議-ウイルスの進化メカニズム-
    Date (from-to) : 2019/11
    Role : Lecturer
    Category : Lecture
    Event, Program, Title : 岩倉市生涯学習講座
  • ウイルスの不思議-ウイルスの正体-
    Date (from-to) : 2019/10
    Role : Lecturer
    Category : Lecture
    Event, Program, Title : 岩倉市生涯学習講座
  • ウイルスのふしぎ
    Date (from-to) : 2018/12
    Role : Lecturer
    Event, Program, Title : 第138回サイエンスカフェイン名古屋
  • 進化は予測できるか？
    Date (from-to) : 2018/09
    Role : Lecturer
    Event, Program, Title : 中日文化センター開催講座「階層で分けて見る生命の不思議-ウイルスから生態まで-」
  • ウイルスのふしぎ
    Date (from-to) : 2018/05
    Role : Lecturer
    Event, Program, Title : 中日文化センター開催講座「階層で分けて見る生命の不思議-ウイルスから生態まで-」
  • ウイルスのふしぎ
    Date (from-to) : 2017/09
    Role : Lecturer
    Event, Program, Title : 名古屋市立大学×名古屋市科学館サイエンスパートナーシップ締結記念イベント「ようこそ生命科学の世界へ」
  • ウイルスと宿主の進化的関係
    Date (from-to) : 2016/11
    Role : Lecturer
    Event, Program, Title : 名古屋市立大学×名古屋市科学館サイエンスパートナーシップ締結記念イベント「魅力あふれる生命科学の世界」
  • DNA、遺伝、進化に親しむ
    Date (from-to) : 2014/07
    Role : Lecturer
    Event, Program, Title : 第26回愛知サマーセミナー
  • ウイルス研究の最近の話題
    Date (from-to) : 2014/06
    Role : Lecturer
    Event, Program, Title : 中日文化センター開催講座「身近にある危険を科学する～知る、そして備える～」
  • ウイルス研究の最近の話題. ウイルスを知る～インフルエンザウイルスから内在性ウイルスまで～
    Date (from-to) : 2013/10
    Role : Lecturer
    Event, Program, Title : 名古屋市立大学平成25年度市民公開講座
  • インフルエンザウイルス研究の最近の話題
    Date (from-to) : 2013/03
    Role : Lecturer
    Event, Program, Title : 第74回サイエンスカフェイン名古屋
  • 生き物としてのウイルス～インフルエンザから口蹄疫まで～
    Date (from-to) : 2011/08
    Role : Lecturer
    Event, Program, Title : 第57回サイエンスカフェイン名古屋

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