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湯川 泰ユカワ ヤスシ

所属部署システム自然科学研究科生命情報系, 学長・副学長等
職名教授
メールアドレスyyuknsc.nagoya-cu.ac.jp
ホームページURLhttp://www.nsc.nagoya-cu.ac.jp/~yyuk/
生年月日
Last Updated :2020/01/09

研究者基本情報

基本情報

    プロフィール:北海道釧路市出身
    【研究内容】
    植物の遺伝子の発現制御に興味を持って研究を進めています。特に転写と翻訳の制御機構を、in vitro解析で明らかにすることを目指しています。同時に、非コードRNAのかかわる植物の未知の生理機能の究明を進めています。
    【社会貢献】
    ここ数年は名古屋市立大学に新しい理学部(総合生命理学部)を作ることに専念。2018年4月から、新しい理系人材の育成をスタートさせました。
    科研費研究者番号:70381902
    ORCID ID:0000-0001-8707-3357

学歴

  • 1995年04月 - 1998年03月, 名古屋大学, 大学院理学研究科博士後期課程, 生物学専攻
  • 1993年04月 - 1995年04月, 富山大学, 大学院理学研究科修士課程, 生物学専攻
  • 1989年04月 - 1993年03月, 富山大学, 理学部, 生物学科

学位

  • 博士(理学), 名古屋大学

所属学協会

  • 日本分子生物学会
  • 日本植物生理学会

経歴

  •   2010年04月 - 現在, 名古屋市立大学, 大学院システム自然科学研究科, 教授
  •   2006年04月 - 2017年03月, 名古屋市立大学, 大学院システム自然科学研究科, 助教授
  •   2008年04月 - 2010年03月, 名古屋市立大学, 大学院システム自然科学研究科, 准教授
  •   2005年04月 - 2006年03月, 名古屋市立大学, 大学院システム自然科学研究科, 専任講師
  •   2001年11月 - 2005年03月, 名古屋市立大学, 自然科学研究教育センター, 研究員
  •   1998年11月 - 2001年10月, 名古屋大学, 遺伝子実験施設, 日本学術振興会特別研究員 (PD)
  •   2000年07月 - 2000年09月, Julius-Maximilians-Univesität Wüerzburg,, Institut für Biochemie, 客員研究員
  •   1999年08月 - 1999年08月, Julius-Maximilians-Univesität Wüerzburg,, Institut für Biochemie, 客員研究員
  •   1998年04月 - 1998年10月, 名古屋大学, 遺伝子実験施設, 施設共同研究員

研究活動情報

研究分野

  • ゲノム科学, ゲノム生物学
  • 生物科学, 分子生物学
  • 基礎生物学, 植物分子・生理科学

研究キーワード

    クロマチン, シロイヌナズナ, ストレス応答, in vitro 翻訳, 転写制御, RNA ポリメラーゼ III, tRNA, in vitro 転写, ノンコーディングRNA, 植物分子生物学, RNA 生物学, 遺伝子発現制御

論文

  • Novel in vivo system to monitor tRNA expression based on the recovery of GFP fluorescence and its application for the determination of plant tRNA expression, Fumiya Oohashi, Yutaka Aga, Yasushi Yukawa and Kazuhito Akama, Gene, 703, 145 - 152,   2019年06月, 査読有り, •Development of a novel assay system for tRNA expressed in plant cells •The assay based on recovery of the expression of GFP as a reporter •Monitoring the fluorescence of RFP for the normalization of transformation efficiency •Rapid laser-scanning microscopy of GFP or RFP fluorescence for quantitative determination •Its application to determine the expression of 17 kinds of tRNAGln genes from Arabidopsis
  • Pol III-dependent cabbage BoNR8 long ncRNA affects seed germination and growth in Arabidopsis, Juan Wu, Chunxiao Liu, Dandan Li, Shuang Li, Ziguang Liu, Xiaoqing Huang, Shengyi Liu, ShenKui Liu and Yasushi Yukawa, Plant and Cell Physiology, 60, (2) 421 - 435,   2018年, 査読有り
  • Effect of AtR8 lncRNA partial deletion on Arabidopsis seed germination., Dandan Li, Xiaoqing Huang, Ziguang Liu, Shuang Li, Toshihiro Okada, Yasushi Yukawa and Juan Wu., Molecular Soil Biology, 7, (7) 1 - 7,   2016年06月, 査読有り
  • Arabidopsis Pol II-dependent in vitro transcription system reveals role of chromatin for light-Inducible rbcS gene transcription., Ido A, Iwata S, Iwata Y, Igarashi H, Hamada T, Sonobe S, Sugiura M, Yukawa Y, Plant Physiology, 170, (2) 642 - 652,   2016年02月, 査読有り
  • The context of transcription start site regions is crucial for transcription of a plant tRNALys(UUU) gene group both in vitro and in vivo., Yasushi Yukawa, Kazuhito Akama, Kanta Noguchi, Masaaki Komiya and Masahiro Sugiura., Gene, 512, (2) 286 - 293,   2013年, 査読有り
  • ppGpp inhibits peptide elongation cycle of chloroplast translation system in vitro., Yuhta Nomura, Taito Takabayashi, Hiroshi Kuroda, Yasushi Yukawa, Kwanchanok Sattasuk, Mitsuru Akita, Akira Nozawa and Yuzuru Tozawa., Plant Molecular Biology, 78, (1-2) 185 - 196,   2012年, 査読有り
  • Translation of partially overlapping psbD-psbC mRNAs in chloroplasts: the role of 5'-processing and translational coupling., Yuka Adachi, Hiroshi Kuroda, Yasushi Yukawa and Masahiro Sugiura., Nucleic Acids Research, 40, (7) 3152 - 3158,   2012年, 査読有り
  • A novel hypoxic stress-responsive long non-coding RNA transcribed by RNA polymerase III in Arabidopsis., Juan Wu, Toshihiro Okada, Toru Fukushima, Takahiko Tsudzuki, Masahiro Sugiura and Yasushi Yukawa., RNA Biology, 9, (3) 302 - 313,   2012年, 査読有り
  • Transcript levels, alternative splicing and proteolytic cleavage of TFIIIA control 5S rRNA accumulation during Arabidopsis thaliana development., Elodie Layat, Sylviane Cotterell, Isabelle Vaillant, Yasushi Yukawa, Sylvie Tutois and Sylvette Tourmente., The Plant Journal, 71, (1) 35 - 44,   2012年, 査読有り
  • A common sequence motif involved in selection of transcription start sites of Arabidopsis and budding yeast tRNA genes., Yasushi Yukawa, Giorgio Dieci, Mircko Alzapiedi, Asako Hiraga, Katsuaki Hirai, Yoshiharu Yamamoto and Masahiro Sugiura., Genomics, 97, (3) 166 - 172,   2011年, 査読有り
  • The downstream atpE cistron is efficiently translated via its own cis-element in partially overlapping atpB-atpE dicistronic mRNAs in chloroplasts., Haruka Suzuki, Hiroshi Kuroda, Yasushi Yukawa and Masahiro Sugiura., Nucleic Acids Research, 39, (21) 9405 - 9412,   2011年, 査読有り
  • A survey of expressed tRNA genes in the chromosome I of Arabidopsis using an RNA polymerase III-dependent in vitro transcription system., Yasushi Yukawa, Takaharu Mizutani, Kazuhito Akama and Masahiro Sugiura., Gene, 392, (1-2) 7 - 13,   2007年, 査読有り
  • The complete structure of the cucumber (Cucumis sativus L.) chloroplast genome: Its composition and comparative analysis., Wojchech Plader, Yasushi Yukawa, Masahiro Sugiura and Stefan Malepszy., Cellular and Molecular Biology Letters, 12, (4) 584 - 594,   2007年, 査読有り
  • Translation of psbC mRNAs starts from the downstream GUG, not the upstream AUG, and requires the extended Shine-Dalgarno sequence in tobacco chloroplast., Hiroshi Kuroda, Haruka Suzuki, Takahiro Kusumegi, Tetsuro Hirose, Yasushi Yukawa and Masahiro Sugiura., Plant and Cell Physiology, 48, (9) 1374 - 1378,   2007年, 査読有り
  • Distinct modes of TATA box utilization by the RNA polymerase III transcription machineries from budding yeast and higher plants., Giorgio Dieci, Yasushi Yukawa, Mircko Alzapiedi, Elisa Guffanti, Roberto Ferrari, Masahiro Sugiura and Simone Ottonello., Gene, 379, 12 - 25,   2006年, 査読有り
  • A simple in vitro RNA editing assay for chloroplast transcripts using fluorescent dideoxynucleotides: Distinct types of sequence elements required for editing of ndh transcripts., Tadamasa Sasaki, Yasushi Yukawa, Tatsuya Wakasugi, Kyoji Yamada and Masahiro Sugiura., The Plant Journal, 47, (5) 802 - 810,   2006年, 査読有り
  • Plant 7SL RNA genes belong to type 4 of RNA polymeraseIII-dependent genes that are composed of mixed promoters., Yasushi Yukawa, Martha Feris, Markus Englert, Michael Stojanov, Jaroslav Matousek, Hildburg Beier and Masahiro Sugiura, The Plant Journal, 43, (1) 97 - 106,   2005年, 査読有り
  • In vitro analysis of the sequences required for transcription of the Arabidopsis thaliana 5S rRNA genes., Catherine Cloix, Yasushi Yukawa, Sylvie Tutois, Masahiro Sugiura and Sylvette Tourmente., The Plant Journal, 35, (2) 251 - 261,   2003年, 査読有り
  • Identification of RNA editing sites in chloroplasts transcripts from the maternal and paternal progenitors of tobacco (Nicotiana tabacum): comparative analysis shows the involvement of distinct trans-factors for ndhB editing., Tadamasa Sasaki, Yasushi Yukawa, Tetsuya Miyamoto, Junich Obokata and Masahiro Sugiura., Molcular Biology and Evolution, 20, (7) 1028 - 1035,   2003年, 査読有り
  • In vitro analysis of transcripton initiation and termination from the Lhcb1 gene family in Nicotiana sylvestris: detection of transcription termination sites., Keiko Hasegawa, Yasushi Yukawa and Masahiro Sugiura., The Plant Journal, 33, (6) 1063 - 1072,   2003年, 査読有り
  • A tRNALeu-like sequence within the promoter of an Arabidopsis clock-regulated gene is functional: efficient transcription by an RNA polymerase III-dependent in vitro transcription system., Keiko Hasegawa, Yasushi Yukawa, Junichi Obokata and Masahiro Sugiura., Gene, 307, 133 - 139,   2003年, 査読有り
  • Identification and characterization of transcription factor IIIA and ribosomal protein L5 from Arabidopsis thaliana., Olivier Mathieu, Yasushi Yukawa, Jose-Luis Prieto, Isabelle Vaillant, Masahiro Sugiura and Sylvette Tourmente., Nucleic Acids Research, 31, (9) 2424 - 2433,   2003年
  • 植物の in vitro 転写系, 湯川 泰、杉浦 昌弘, 蛋白質 核酸 酵素, 47, (5) 583 - 589,   2002年04月, 査読有り
  • 5S rRNA genes expression is not inhibited by DNA methylation in Arabidopsis., Olivier Mathieu, Yasushi Yukawa, Masahiro Sugiura, Georges Picard and Sylvette Tourmente., The Plant Journal, 29, (3) 313 - 323,   2002年, 査読有り
  • Analysis of the 5S RNA pool in Arabidopsis thaliana: RNAs are heterogeneous and only two of the genomic 5S loci produce mature 5S RNA., C. Cloix, S. Tutois, Y. Yukawa, O. Mathieu, C. Cuvillier, M. C. Espagnol, G. Picard and S. Tourmente., Genome Research, 12, (1) 132 - 144,   2002年, 査読有り
  • Plant 7SL RNA and tRNATyr genes with inserted antisense sequences are efficiently expressed in tobacco nuclear extract., Yasushi Yukawa, Jarolav Matousek, Michael Grimm, Lukas Vrba, Gerhart Steger, Masahiro Sugiura and Hildburg Beier., Plant Molecular Biology, 50, (4/5) 713 - 723,   2002年, 査読有り
  • Organization and transcription of the gene family encoding chlorophyll a/b-binding proteins in Nicotiana sylvestris., Keiko Hasegawa, Yasushi Yukawa, Mamoru Sugita and Masahiro Sugiura., Gene, 289, (1/2) 161 - 168,   2002年, 査読有り
  • Analysis of the SINE S1 Pol III promoter from Brassica; impact of methylation and influence of external sequences., Philippe Arnaud, Yasushi Yukawa, Laurence Lavie, Thierry Pelissier, Masahiro Sugiura and Jean-Marc Deragon., The Plant Journal, 26, (3) 295 - 305,   2001年, 査読有り
  • A tobacco nuclear extract supporting transcription, processing, splicing and modification of plant intron-containing tRNA precursors., Yasushi Yukawa, Hao Fan, Kazuo Akama, Hildburg Beier, Hans J. Gross and Masahiro Sugiura., The Plant Journal, 28, (5) 583 - 594,   2001年, 査読有り
  • The TATA motif, the CAA motif and the poly(T) transcription termination motif are all important for transcription re-initiation on plant tRNA genes., Yasushi Yukawa, Mamoru Sugita, Nathalie Choisne, Ian Small and Masahiro Sugiura., The Plant Journal, 22, (5) 439 - 447,   2000年, 査読有り
  • Splicing of Arabidopsis tRNAMet precursors in tobacco cell and wheat germ extracts., Kazuhito Akama, Volker Junker, Yasushi Yukawa, Masahiro Sugiura and Hildburg Beier., Plant Molecular Biology, 44, (2) 155 - 165,   2000年, 査読有り
  • Plant cytosolic tRNA(His) possesses an exceptional C54 in the canonical TψC loop., Kazuhito Akama, Yasushi Yukawa, Masahiro Sugiura and Ian Small., Nucleic Acids Research, 26, (11) 2708 - 2714,   1998年, 査読有り
  • In vitro transcription analysis of the rbcS gene., Yasushi Yukawa, Mamoru Sugita and Masahiro Sugiura., In Photosynthesis: Mechamisms and Effects, 4, 2963 - 2966,   1998年
  • Structure and expression of LHCB genes from Nicotiana sylvestris., Keiko Hasegawa, Yasushi Yukawa, Miyoko Niwa, Mamoru Sugita and Masahiro Sugiura., In Photosynthesis: Mechamisms and Effects, 4, 2959 - 2962,   1998年
  • Efficient in vitro transcription of plant nuclear tRNASer genes in a nuclear extract from tobacco cultured cells., Yasushi Yukawa, Mamoru Sugita and Masahiro Sugiura., The Plant Journal, 12, 965 - 970,   1997年, 査読有り
  • Structure and expression of two seed-specific cDNA clones encoding stearoyl-acyl carrier protein desaturase from sesame, Sesamum indicum L., Yasushi Yukawa, Fumio Takaiwa, Kazuaki Shoji, Kyojiro Masuda and Kyoji Yamada., Plant and Cell Physiology, 37, 201 - 205,   1996年, 査読有り

競争的資金

  • 植物の長鎖非コードRNAが関わる感染防御機構:RNA結合因子からのアプローチ, 日本学術振興会, 基盤研究(C),   2019年04月 - 2022年03月, 湯川 泰, 細胞中には多様な非コードRNAが存在し、200 塩基を超える長鎖非コード RNAの機能解明は進んでいない。260塩基長のAtR8 lncRNAは、RNAポリメラーゼIIIの転写プロモーターに着目することでシロイヌナズナから発見され、以下の特徴がある。1.タンパク質と結合し、細胞質に大量に存在する。2.感染、ストレス、サリチル酸に応答する。3.根と未熟種子に局在する。本研究はAtR8 lncRNAの結合タンパク質を同定することで、その感染防御の機能を解明する。
  • シロイヌナズナ無細胞転写解析法による光依存転写機構の解析, 日本学術振興会, 基盤研究(C),   2008年 - 2010年, 湯川 泰, シロイヌナズナ培養細胞で成長の速いMM2d株を材料に、無細胞転写解析系を確立した。MM2d細胞は通常の暗条件下での培養で黄化下細胞となるが、光を当てて培養することにより緑化した細胞を調製することができる。そこで、それぞれの細胞から細胞核を単離し、無細胞転写解析系を作成した。明培養および暗培養由来の無細胞系をもちいて、シロイヌナズナの光合成遺伝子であるリブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ(rbcS)遺伝子の光依存転写制御を解析することに成功した。
  • 植物の感染防御応答に関わる葉緑体カルシウムシグナル伝達ネットワーク, 日本学術振興会, 新学術領域研究(研究課題提案型),   2008年 - 2010年, 中平 洋一
  • 植物RNAポリメラーゼ3依存遺伝子の転写機構に関する研究, 日本学術振興会, 特別研究員奨励費,   1999年 - 2001年, 湯川 泰

教育活動情報

担当経験のある科目

  • 遺伝子制御学, 名古屋市立大学大学院システム自然科学
  • 分子生物学, 名古屋市立大学大学院システム自然科学
  • バイオサイエンス入門, 名古屋市立大学 一般教養科目
  • 基礎生物学, 名古屋市立大学 一般教養科目

社会貢献活動情報

社会貢献活動

  • 名古屋市立大学×名古屋市博物館サイエンスパートナーシップイベント, 企画, 名古屋市立大学、名古屋市科学館,   2019年11月04日, 名古屋市立大学と名古屋市科学館は、次世代の科学系・技術系人材の育成と地域社会の発展を目指し、平成28年3月にサイエンスパートナーシップを締結しました。名古屋市立大学の理系教員と名古屋市科学館の学芸員が「生命科学」の魅力を伝えるとともに、研究者や学芸員との交流を通じて、名市大での最先端研究や科学館の魅力を紹介します。
  • 第16回高校化学グランドコンテスト実行委員会副委員長, 企画, 大阪市立大学、名古屋市立大学、横浜市立大学、読売新聞社,   2019年10月26日 - 2019年10月27日
  • 遺伝子組換え植物の現状と課題, 講師, 東海農政局,   2018年12月14日
  • 名古屋市立大学×名古屋市科学館サイエンスパートシップイベント, 企画, 名古屋市立大学、名古屋市科学館,   2018年12月09日, 名古屋市立大学と名古屋市科学館は、次世代の科学系・技術系人材の育成と地域社会の発展を目指し、平成28年3月にサイエンスパートナーシップを締結しました。名古屋市立大学の理系教員と名古屋市科学館の学芸員が「生命科学」の魅力を伝えるとともに、研究者や学芸員との交流を通じて、名市大での最先端研究や科学館の魅力を紹介しました。
  • 第15回高校化学グランドコンテスト実行委員会委員長, 企画, 大阪市立大学・名古屋市立大学・横浜市立大学・読売新聞社,   2018年10月27日 - 2018年10月28日
  • 遺伝子組換え作物の現状と課題, 講師, 東海農政局,   2018年02月28日
  • 今、なぜ新しい理学部をつくるのか? 〜科学教育の重要性を考える〜, 講師, 名古屋市立大学システム自然科学研究科,   2018年01月19日
  • 第14回高校化学グランドコンテスト実行委員会委員長, 企画, 大阪位市立大学・名古屋市立大学・横浜市立大学・読売新聞社,   2017年10月28日 - 2017年10月29日
  • 名古屋市立大学×名古屋市科学館サイエンスパートシップイベント, 企画, 名古屋市立大学、名古屋市科学館,   2017年09月02日, 名古屋市立大学と名古屋市科学館は、次世代の科学系・技術系人材の育成と地域社会の発展を目指し、平成28年3月にサイエンスパートナーシップを締結しました。名古屋市立大学の理系教員と名古屋市科学館の学芸員が「生命科学」の魅力を伝えるとともに、研究者や学芸員との交流を通じて、名市大での最先端研究や科学館の魅力を紹介しした。
  • 名古屋市立大学×名古屋市科学館サイエンスパートシップイベント, 企画, 名古屋市立大学、名古屋市科学館,   2016年11月06日, 名古屋市立大学と名古屋市科学館は、次世代の科学系・技術系人材の育成と地域社会の発展を目指し、平成28年3月にサイエンスパートナーシップを締結しました。名古屋市立大学の理系教員と名古屋市科学館の学芸員が「生命科学」の魅力を伝えるとともに、研究者や学芸員との交流を通じて、名市大での最先端研究や科学館の魅力を紹介しました。
  • 「植物は偉い」ー秘められた植物のスーパー能力ー, 講師, 名古屋市立大学システム自然科学研究科,   2015年11月20日
  • 植物利用テクノロジーから考える未来像, 講師, 名古屋市立大学システム自然科学研究科,   2013年10月18日
  • 植物利用テクノロジーの描く未来像, 講師, 名古屋市立大学システム自然科学研究科,   2011年10月21日
  • 植物バイオテクノロジーから考える近未来像, 講師, 名古屋市立大学システム自然科学研究科,   2010年01月15日
  • 知ってるようで意外と知らない植物のバイオテクノロジー, 講師, 名古屋市立大学システム自然科学研究科,   2007年05月18日


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